Пытаясь перехватить инициативу у радикальной оппозиции, Масхадов проводит в декабре 1998 года Верховный шариатский суд Чеченской Республики, который рассматривает обвинения со стороны “непримиримых” и не находит достаточных оснований для отстранения Масхадова от должности.
9 января 1999 года Масхадов выступил за создание в Чечне исламского государства и объявил об учреждении Исламского совета из ученых алимов и богословов, который должен был заменить так называемую «шуру», идею которой выдвинул один в декабре 1998 года из лидеров оппозиции вице-президент Ваха Арсанов. Но это не ослабило противостояния с оппозицией. Район Урус-Мартана стал базой оппозиции, живущей по своим законам. Именно здесь иорданский террорист Хаттаб открыл свою диверсионную школу.
26 января в селе Старые Атаги состоялось экстренное совещание оппозиции. В совещании участвовали экс-президент Зелимхан Яндарбиев, вице-президент Ваха Арсанов, “генералы” Шамиль Басаев, Хункарпаша Исрапилов, Руслан Гелаев, экс-министра иностранных дел Мовлади Удугова и бывшие активные сторонники президента вице-премьеры Ахмед Закаев и Казбек Махашев, а также большая группа влиятельных полевых командиров, включая руководство расположенного в городе Урус-Мартан подразделения “Джамаат” (Арби Бараев).
3 февраля 1999 года Аслан Масхадов издал указ о введении в республике шариатского правления “в полном объеме”. Он поручил парламенту и муфтияту в течение месяца разработать проект шариатской конституции.
7 февраля — Масхадов формирует “шуру” и называет ее Госсоветом. В него включены ведущие лидеры оппозиции, которые, однако, не поддержали инициативы Масхадова. Ваха Арсанов заявляет, что не намерен “быть соучастником этого фарса”, а Масхадов должен сложить свои полномочия перед “шурой”.
24 февраля оппозиция избрала амиром “шуры” Шамиля Басаева, который сразу же обвинил Масхадова в “репрессиях против участников войны и сторонников независимости Чечни”, а также в том, что “вместо объединения нации президент разделил народ по религиозному принципу”.
Сформированный таким образом альтернативный центр власти в марте 1998 предпринял усилия, чтобы блокировать возможную поддержку “умеренного” режима Масхадова со стороны России. С этой целью в аэропорту Грозного был предпринят захват представителя МВД России генерала Шпигуна, чья безопасность была гарантирована чеченской стороной. Ответом России были предельно резкие высказывания руководителя МВД С.Степашина, означавшие почти немедленное введение экономической и военной блокады Чечни. Эти высказывания были смягченны лишь через несколько дней.
16 марта на общенациональном сходе в Грозном, Масхадов объявил о начале борьбы с преступностью и о масштабных кадровых перестановках в силовых ведомствах. Он также обвинил Саудовскую Аравию в финансировании оппозиционных сил и бандитских групп, действующих в Чечне. Масхадов предложил в каждом селе создать мобильные группы для противодействия незаконной деятельности как ваххабитов, так и филиалов оппозиционной “шуры”.
Продолжение обострения ситуации на административных границах с Чечней и обстрелы российских блок-постов привели к тому, что уже 28 мая 1999 года российские боевые вертолеты нанесли ракетный удар по территории Чечни — по позициям боевиков Хаттаба на реке Терек. Акция была проведена после того, как боевики попытались захватить заставу внутренних войск на дагестано-чеченской границе.
Летом 1999 противостояние между сторонниками Масхадова и радикальной оппозицией обостряется до предела.
4 июня чеченское телевидение беспрерывно передавало на русском и чеченском языках обращение Масхадова к народу и бойцам сопротивления: “Встаньте рядом со мной. Поддержите меня, как вы это сделали во время войны и на президентских выборах. Помогите мне избавить Чечню от принявшего массовый характер позорного явления, связанного с похищением людей”. Масхадов объявил, что республика “находится на грани междоусобной и межтейповой войны”.
12 июня, на следующий день после встречи Сергея Степашина и Аслана Масхадова, посвященной борьбе с оргпреступностью в Чечне, в Грозном 200 боевиков оппозиции пытались взять штурмом здание Службы национальной безопасности Чечни с целью освобождения лиц, арестованных за бандитизм и захваты заложников. В перестрелке, длившейся почти три часа, шесть сотрудников спецслужбы получили ранения, среди нападавших — более десяти убитых.
В июле 1999 Совет Федерации РФ поручает министру внутренних дел Владимиру Рушайло принять эффективные меры по обеспечению безопасности на территориях, прилегающих к Чечне, и разоружению чеченских бандформирований, после чего по скоплению боевиков численностью 150–200 человек в районе Кизляра был нанесен предупредительный удар с помощью вертолетов, артиллерии и минометов (3–5 июля).