Когда он ушёл с ратной службы, дотошными летописцами было сказано об Алексее Басманове горестно, откровенно, но в чём-то и неправедно: «Здесь оканчиваются похвальные подвиги Алексея Даниловича Басманова и непобедимый полководец для удовлетворения своего честолюбия выступает на поприще царедворца. Искусством веселить, хвастливым усердием и предупредительностью воли монарха он вкрадывается в душу Иоанна, приобретает над ним сильное влияние и от его имени безнаказанно совершает ряд злодейств, между которыми не первое место занимает даже позорное изгнание митрополита Филиппа».
С этими выводами летописцев должно поспорить. Басманов никогда не страдал честолюбием и угодничеством. Об этом говорит сама трагическая гибель Басманова. К пагубному падению привела Алексея смерть жены. Тому же способствовало падение его сына Фёдора, коего, как и супругу, он любил больше жизни до конца дней своих. Теперь можно сказать с уверенностью, как считал сам Алексей Басманов, житейская неправедная стезя сына Фёдора, где каждый шаг был шагом к новому злодеянию, и повлияла на Басманова в большей степени, чем что-либо другое. Уходя с ратной службы на дворцовую, Алексей надеялся спасти сына. Так он располагал. Но сказано же в Книге судеб, что человек располагает, а какие-то силы уводят его на стезю добра или зла. Так случилось и с Алексеем Басмановым.
Придя на дворцовую службу, боярин вскоре сам попал под влияние царя, ибо не было в окружении Ивана Грозного личности, под чьё влияние попал бы он сам. Наделённый умом и наблюдательностью, Алексей при любом удобном случае пытался разгадать внутреннее состояние царя, и ему удавалось улучшить его, ежели оно было плохое. Он содрогался от каждого житейского удара. И там, где нужно было по-царски совершить доброе дело, он поступал по-дурному. В любой миг от царя Ивана можно было ожидать не только грубой, но даже жестокой выходки. Басманов был очевидцем, когда царь, получив в подарок слона из Индии, потребовал от него встать на колени. Слон, конечно же, не исполнил его требования. И государь от гнева потерял дар речи. А придя в себя, велел изрубить бердышами несчастное животное на куски. Иван Грозный доверительно относился к дворянину Алексею Адашеву и даже заверял, что любит его. Но когда Адашева оговорили в том, что он якобы бывает не в меру любезен с царицей Анастасией, Иван Грозный возненавидел его и предал казни. В каждом незнакомом встречном в минуты дурного настроения царь видел врага. И Алексей понял: чтобы заслужить доверие государя, надо было час за часом доказывать, что его любят и преданы ему до самопожертвования.
Однажды, в припадке душевного отчаяния, царь пожаловался Алексею, который уже стоял при нём конюшим: «Тело моё изнемогает, болезнует дух, раны душевные и телесные умножились, и нет врача, который бы исцелил меня, ждал я, чтобы ты поскорбел со мной, и не явилось никого, утешающих я не нашёл, заплатили мне злом за добро, ненавистью за любовь». Так стенал царь Иван пред Басмановым, жалуясь на бояр и князей, так подвигал его быть добрым и заботливым, когда надумал породить опричнину.
В часы откровения, когда Иван побуждал своего «незаменимого» конюшего Алексея Басманова создавать опричную опору царя, он говорил ему:
— Мы с тобой, батюшка Данилыч, построим особый двор для расправы с изменниками и ослушниками царя, мы с тобой возьмём в окружение особых бояр и дворецких, казначеев и дьяков, воевод и ратников.
Эти откровения царь Иван излагал Басманову во время второго своего бегства из Москвы в Александрову слободу. Страшное и небывалое событие готовилось тайно. В конце 1564 года в Кремле ночью появилось множество саней. На них слуги грузили скарб, утварь, иконы, кресты, съестные припасы. Особые возы были отведены под государственную казну и царскую одежду. Когда всё было готово к отъезду, царь Иван вышел с заднего крыльца, ведя за собой жену и сыновей. Все они сели в крытую колымагу, и огромный обоз, сопровождаемый личной сотней телохранителей царя, покинул Кремль.
Алексей Басманов многого не понимал в бессвязных откровениях царя Ивана об опричнине. Но он ясно отметил себе, что царь надумал собрать вокруг себя особое войско и принимать в него только «человек скверных и всякими злостями исполненных».
— И я обяжу их страшными клятвами не знаться не только с друзьями и братьями, но и с родителями, а служить единственно мне. И при этом заставлю их целовать крест. И будем мы жить в слободе при монастырском чине, какой установлю я для избранной мною опричной братии, — торопливо и зло говорил он своему конюшему, закутанный в меха в просторной колымаге.