После казни ликующая толпа бушевала на улицах Копенгагена, громя бордели, ибо в народе покойный реформатор приобрел репутацию защитника проституции. Отсеченные головы казненных надели на пики, расчлененные тела выставили на колесах на месте казни, где они и пробыли два года, пока кости не начали падать на землю. Останки были собраны в ящик, но дальнейшая судьба их неизвестна. Некоторые историки считают, что они все-таки находятся в подземном склепе церкви Св. Петра в Копенгагене, иные называют церковь в поместье младшего брата Штруэнзее или имении родственников фон Брандта – его брату удалось сделать успешную карьеру при датском королевском дворе.
Некоторые источники приписывают вдовствующей королеве Юлиане-Марии следующие слова, произнесенные ею после казни Штруэнзее и фон Брандта: «Единственное, что портит мне сие удовольствие, так это то, что я не смогла увидеть труп Каролины-Матильды на тележке для казненных». Однако, учитывая чрезвычайную осмотрительность Юлианы-Марии в отношении своих высказываний, ведения дневника и написания писем, она вряд ли стала бы столь откровенно проявлять свои чувства.
В Европе казнь двух реформаторов вызвала большие толки, мнения по поводу ее обоснованности были самые разные, но все единодушно сочли ее чрезмерно жестокой. Историки по-разному оценивали деятельность Штруэнзее в Дании, но постепенно более или менее сошлись во мнении, что он, безусловно, был идеалистом, но проводил свои реформы в совершенно деспотичной манере.
Единственным утешением для Каролины-Матильды в заключении было общество ее маленькой дочери, поскольку сына оставили с отцом. Для ведения расследования и допросов королевы был организован комитет из четырех вельмож; первоначально она отказывалась отвечать на их вопросы, заявляя, что «не признает ничьего суда кроме королевского». Каролина-Матильда сначала отрицала близкие отношения со Штруэнзее, надеясь таким образом спасти его. Компрометирующее ее признание любимого человека не обескуражило ее, молодая женщина полагала, что его вырвали у него либо силой, либо хитростью, и взяла большую часть вины на себя.
24 марта обвинение против Каролины-Матильды было представлено в суд, состоявший из тридцати пяти представителей знати. Ко всем обвинениям присовокупили еще и продажу драгоценностей с целью учреждения Ордена Матильды. Защитник Каролины-Матильды доктор Удалл заявил, что она невиновна, а ее признание было вырвано под давлением и единственно с целью смягчить участь Штруэнзее; что же касается представленных доказательств, то все они основаны на слухах, подозрениях и сплетнях из вторых и третьих рук, а также искаженных сведениях. Интересным фактом является то, что этот юрист был близок к королеве Юлиане-Марии и вдовствующая королева сама настояла на назначении его защитником ненавистной ей женщины. Судебное решение было вынесено уже 6 апреля и через два дня донесено до сведения королевы: ее брак с Кристианом VII расторгался, хотя и не на династических или нравственных основаниях; имя королевы исключалось из упоминания в церковных службах. Однако дети, оставленные под опеку отца, признавались законными.
Далее за дело взялись дипломаты. Королю Георгу III были предоставлены убедительные доказательства вины его сестры и заявление, что ее дальнейшее пребывание при датском дворе не представляется возможным. Уже после смерти Каролины-Матильды было обнаружено, что датчане предлагали сослать королеву в Аальборг в северной Ютландии, но англичане воспротивились этому, угрожая разрывом дипломатических отношений и даже военной интервенцией. В водах близ Копенгагена появилась английская эскадра, и тогда датчане заявили, что гарантируют свободу бывшей королевы. Опытный дипломат Роберт-Мюррей Кит согласовал возвращение ее приданого, выплату пенсии и сохранение за Каролиной-Матильдой права носить королевский титул. Было принято, по предложению Георга III, решение о том, что она поселится в замке Целле, расположенном в родовой вотчине Ганноверской династии, герцогстве Брауншвейг-Люнебург. 5 мая Каролина-Матильда отплыла из Копенгагена со свитой датских дворян на двух фрегатах. Дети убитой горем женщины остались в Копенгагене, и ей больше не было суждено увидеть их.
Ссылка