Осенью 1937 года Микоян выезжал в Армянскую ССР для проведения репрессий работников партийных и государственных органов этой республики. Микояна в этой поездке сопровождал Маленков и группа сотрудников НКВД. Став наркомом внешней торговли, Микоян добился от Сталина, чтобы НКВД не вмешивался в работу Внешторга, то есть не арестовывал его сотрудников. Микоян в 1937 году вместе с Ежовым был докладчиком на февральско-мартовском Пленуме ЦК ВКП(б) по делу Бухарина.
С 1941 года Микоян был председателем комитета продовольственно-вещевого снабжения Красной армии, а также членом Совета по эвакуации и Государственного комитета по восстановлению хозяйства освобожденных районов, с 1942 года был членом Государственного комитета обороны. 16 августа 1941 года со стороны СССР подписал Соглашение между СССР и Соединённым Королевством о взаимных поставках, кредите и порядке платежей, регулировавшее совместные поставки вооружений и товаров во время войны.
6 ноября 1942 года на Красной площади на него было совершено покушение. В машину Микояна стрелял дезертир из Усть-Каменогорска, затем завязавший перестрелку с кремлёвской охраной. Только с помощью двух гранат его удалось обезвредить. В ходе допросов выяснилось, что он принял машину Микояна за машину Сталина. Покушавшийся был расстрелян в 1950 году.
Указом Президиум Верховного Совета СССР от 30 сентября 1943 года за особые заслуги в области постановки дела снабжения Красной Армии продовольствием, горючим и вещевым имуществом в трудных условиях военного времени Анастасу Ивановичу Микояну было присвоено звание Героя Социалистического Труда с вручением ордена Ленина и медали «Серп и Молот».
К концу 1940-х годов положение Микояна и Молотова пошатнулось. Показания против Анастаса Микояна выбивались у обвиняемых по делу «Еврейского антифашистского комитета». В 1949 году он был снят с поста министра внешней торговли, а в 1952 году Сталин обрушился на него с нападками на пленуме ЦК после XIX съезда, он и Молотов были подвергнуты резкой критике. Микоян был избран в Президиум ЦК, но не был включён в бюро Президиума, заменившее Политбюро.
Чеченская автономная область была создана в 1922 году по инициативе А. Микояна. Когда в 1944 году был поднят вопрос о депортации чеченцев и ингушей, только Микоян возразил Сталину, за что и впал в опалу. В 1956 году, приняв группу чеченцев и ингушей, А. Микоян инициировал их возвращение на родину.
После смерти Сталина сохранил должность заместителя председателя Совета Министров и возглавил объединенное министерство внутренней и внешней торговли, которое через полгода снова было разделено. Микоян стал министром торговли.
Он еще до Хрущёва выступил с осуждением культа личности Сталина и в конечном итоге поддержал Хрущёва в осуждении Сталина. Микоян возглавил комиссию по реабилитации заключённых. На пленуме ЦК 1957 года твёрдо поддержал Хрущёва против антипартийной группы.
Микоян заявил сомнение относительно необходимости ввода войск в Польшу и Венгрию при событиях 1956 года. Голосовал против.
В 1954 году Микоян ездил в Югославию, чтобы урегулировать отношения с Тито, в 1958 году совершил поездку по странам Азии, а в 1959 году для подготовки визита Хрущёва посетил США, а также вёл переговоры с Фиделем Кастро об установлении советско-кубинских отношений. В 1962 году активно участвовал в урегулировании «Карибского кризиса», ведя лично переговоры с Кеннеди и Кастро.
В ноябре 1963 года А. И. Микоян представлял советское руководство на похоронах убитого президента США Джона Кеннеди.
С 15 июля 1964 года по 9 декабря 1965 года был Председателем Президиума Верховного Совета СССР (формально это высшая государственная должность). Во время октябрьского (1964 г.) пленума ЦК КПСС пытался осторожно защищать Хрущёва, подчёркивая его внешнеполитические заслуги. В результате в декабре 1965 года Микоян был отправлен в отставку как достигший 70-летнего возраста и заменён на лояльного Брежневу Николая Подгорного. При этом Анастас Микоян остался членом ЦК КПСС и членом Президиума Верховного Совета СССР (1965–1974), был награждён шестым орденом Ленина.
С июня 1974 года оставил все посты и жил как пенсионер. Умер 21 октября 1978 года в Москве.
Герой Социалистического Труда (1943), шесть орденов Ленина, ордена Октябрьской революции, Красного Знамени (за боевые заслуги в Гражданской войне), Отечественной войны I степени, два ордена Красной Звезды. Медали.
Лауреат Сталинской премии СССР (1941, 1947, 1948, 1949, 1952, 1953), лауреат Ленинской премии (1962).
Микоян Артем Иванович (Анушаван Ованесович)
(1905–1970)