В период Великой Отечественной войны многие перспективные научные исследования в области вирусологии российским ученым пришлось отложить до лучших времен, но в целом работа продолжалась даже в военные годы, когда особенно важное значение имело обеспечение противоэпидемической защиты войск и населения. Для решения этой проблемы использовались все новейшие достижения науки и практики в области микробиологии и вирусологии, а для промышленного выпуска необходимого количества различных биологических препаратов и вакцин для плановой и экстренной иммунопрофилактики использовались все возможные средства.
В годы войны основные усилия микробиологов и иммунологов были направлены на решение наиболее актуальных задач военного времени, поэтому новые вакцины разрабатывались в основном для борьбы с бактериальными, а не вирусными инфекциями. Наиболее известными научными достижениями тех лет стало создание нескольких вакцин, которые помогали предупреждать эпидемические вспышки инфекционных заболеваний на фронте и в тылу.
При благоприятных эпидемических условиях военно-медицинская служба Красной Армии применяла для вакцинации войск классическую корпускулярную тривакцину, которая предназначалась для специфической профилактики трех инфекционных заболеваний — брюшного тифа и паратифов А и В. За время Великой Отечественной войны в советских войсках этой тривакциной было сделано более 20 млн прививок.
Самой известной и популярной из разработок военного времени стала «поливакцина НИИСИ» — первая в мире поливакцина, которая позволяла с помощью одной прививки защищать организм от семи инфекций: брюшного тифа, паратифов А и В, дизентерии Шига и Флекснера, холеры и столбняка. Созданием химической депонированной поливакцины НИИСИ занимались советские иммунологии Н. И. Александров и Н. Е. Гефен — они завершили разработку поливакцины в 1941 году. Она была основана на принципе ассоциированных депо вакцин с использованием полных микробных антигенов. Даже при однократном введении поливакцина давала удовлетворительный эпидемиологический эффект и позволяла в полевых условиях достигать практически полного вакцинирования всего личного состава войск.
Большой вклад в разработку и производство поливакцины внес коллектив Московского института эпидемиологии и микробиологии имени И. И. Мечникова. За годы войны в рядах Красной Армии поливакциной НИИСИ было сделано более 30 млн прививок, и такая вакцинация проводилась не только по эпидемическим показаниям, но и в плановом порядке.
Николай Иванович Александров
(1908–1972) — советский ученый, микробиолог и иммунолог, доктор медицинских наук, профессор, лауреат Сталинской премии. В 1938–1947 годах работал старшим научным сотрудником Научно-исследовательского испытательного санитарного института (НИИСИ — в последующем Институт военной медицины). В 1941 году вместе со своей женой Ниной Ефимовной Гефен создал «поливакцину НИИСИ» против семи инфекций.Нина Ефимовна Гефен
— советский иммунолог, доктор медицинских наук. С 1939 года — научный сотрудник, заведующая лабораторией НИИСИ. В 1950-е годы руководила отделом вакцин в войсковой части 62992 (Центре по разработке бактериологического оружия), в котором кроме химических вакцин разрабатывались сухие аэрозольные вакцины против бруцеллеза, чумы, туляремии и сибирской язвы.Кроме массового применения тривакцины и поливакцины НИИСИ в войсках также использовались препараты для профилактики дизентерии: дизентерийный бактериофаг и специальная таблетированная вакцина для орального применения. В военные годы эти важные препараты изготавливались в Ленинградском институте вакцин и сывороток. Они помогли спасти множество жизней: в 1942–1943 годах широко использовались не только в войсках, но и гражданским населением в блокадном Ленинграде.