Генерал Луиджи Пеллу, тогдашний премьер-министр Италии, поставил на голосование в палате депутатов вопрос о лишении Палиццоло парламентского иммунитета, защищавшего его от судебных преследований. После жаркой дискуссии Палиццоло был лишен этой привилегии. Из-за слухов о 1ом, что опальный член парламента готовится бежать за границу, было приостановлено телеграфное сообщение между Сицилией и материком, поэтому дон Раффаэле не знал о голосовании в парламенте. Судебные власти в Палермо проявляли нерешительность, и генерал Пеллу предоставил начальнику полиции Санджорджи санкцию на арест Палиццоло, что и было сделано в тот же вечер. Когда в дом пришли судебные исполнители, Палиццоло отдыхал на той самой кровати, вокруг которой каждое утро собиралась толпа зависимых от него людей.
Спустя несколько дней собравшаяся в Палермо тридцатитысячная толпа двинулась на площадь Политеама, чтобы возложить венок на памятник Эмануэле Нотарбартоло, недавно установленный в маленьком коринфском алтаре. Казалось, что с Палиццоло покончено. «Мафия бьется в предсмертных судорогах», — сделал вывод один из наблюдателей.
Леопольдо Нотарбартоло использовал миланский суд в качестве трибуны. Ему представилась возможность ознакомить общественное мнение со всеми подробностями дела, рассказать об убийстве отца, о скверно проведенном расследовании, о Палиццоло и о скандале с акциями NGI. Поразительный факт: он не являлся свидетелем обвинения! В Италии входе судебных разбирательств жертвы могут возбудить иск о возмещении ущерба и даже сыграть свою роль в обсуждений дела, выступив на стороне обвинения. Молодой морской офицер и был одним из таких «гражданских истцов». У Леопольдо имелись все основания желать ускорения процедуры судебного расследования. Он не сомневался в том, что судьи, которые вели следствие и должны были подготовить обвинительные материалы против убийц, на самом деле их выгораживали. Особые подозрения у него вызывал Винченцо Козенца — тот самый главный прокурор Палермо, который позже сделает все от него зависящее, чтобы помешать Санджорджи довести до конца следствие по делу мафии из Конка Д'Оро.
За шесть месяцев, прошедших после убийства отца, Леопольдо предпринял и завершил собственное расследование, на каждом этапе которого встречал сопротивление и равнодушие. В 1896 году премьер-министром стал старый друг и политический единомышленник его отца Антонио ди Рудини, Встретившись с ним, Леопольдо рассказал о своих подозрениях относительно Палиццоло и попросил помощи. Ответная реакция Рудини была весьма своеобразной: «Если ты действительно считаешь, что он это сделал, то почему бы тебе не нанять какого-нибудь мафиозо, чтобы он его убил?»
Лишь при преемнике Рудини, генерале Пеллу, который тоже был другом семьи Нотарбартоло, политическая ситуация позволила начать судебный процесс, пусть даже и такой, на котором изобличили только двух железнодорожников. Под влиянием Пеллу судебное разбирательство по делу об убийстве было перенесено из Палермо в Милан, где вероятность того, что свидетелей станут запугивать, сводилась к минимуму.
Приняв во внимание свидетельские показания Леопольдо Нотарбартоло, миланский суд продолжил свою работу; вскоре стали раскрываться причины того, почему это дело продвигалось с такими задержками. Каждое последующее свидетельское показание подливало масло в огонь разгоравшегося скандала. Начальник находившихся в Милане воинских подразделений приказал своим офицерам не посещать заседания суда из-за целого потока скандальных разоблачений, которые могли подорвать моральный дух его подчиненных. Министр обороны, который прежде занимал пост уполномоченного короля на Сицилии, засвидетельствовал, что «обвинительные материалы по делу об убийстве Нотарбартоло готовились крайне небрежно и неаккуратно. Фактически эта небрежность граничила с преступлением». Спустя несколько дней в одной газете было опубликовано письмо этого министра, в котором тот просил судебные власти заблаговременно освободить одного имевшего политическое влияние мафиозо, который на предстоящих выборах мог оказать содействие кандидату от правительственной партии. После публикации министр был вынужден уйти в отставку.
С того самого момента, когда тело, обнаруженное на железнодорожном полотне в районе лощины Куррери, было идентифицировано как тело Эмануэле Нотарбартоло, весь Палермо жил слухами о том, что за этим убийством стоит Палиццоло. В ходе судебного разбирательства выяснилось, что главного магистрата Палермо втихую перевели в другое место — очевидно, он предположил, что эти слухи небезосновательны.