Через три дня Ливингстон вернулся в Сешеке; он не мог там оставаться более месяца, так как в ноябре поджидал новый пароход из Англии. Это было его последнее свидание с Секелету: тот умер в 1864 году, и царство его распалось.
Сообщения Ливингстона о пригодности долины верхнего Шире и страны около озера Ньяса для европейской колонизации возбудили живейшее внимание в Англии, и английские университеты (Оксфордский и Кембриджский) пожелали отправить от своего имени миссию для просвещения народов недавно исследованной области. Эта миссия, называвшаяся «университетской», напряженно ожидалась Ливингстоном, который для встречи ее 4 января 1861 года высадился на берегу Конгоне. Однако раньше миссии прибыл пароход «Пионер», назначенный заменить «Ma-Роберт», затонувший в Замбези. Вскоре два английских крейсера привезли миссионеров; это было первое отделение миссии, состоявшее из епископа Макензи, пяти англичан и пяти цветных людей из Капской колонии. Ливингстон радостно приветствовал их, считая приезд миссии началом новой эпохи просвещения и умиротворения Африки. Епископу Макензи хотелось тотчас же отправиться на место своего служения; но, ввиду возможности стеснений со стороны португальцев на пути по Замбези и Шире, английское правительство прислало Ливингстону поручение исследовать реку Рувуму, впадающую в океан гораздо севернее (вблизи мыса Дельгадо). Епископ желал принять участие в этом исследовании и на время отвез своих спутников на остров Джоханна (один из близлежащих Коморских островов). Между тем уровень воды в Рувуме успел настолько опуститься, что плавание по ней пришлось отложить до другого времени.
Захватив остальных членов миссии с острова Джоханна, «Пионер» привез их к Конгоне и оттуда направился по Замбези и Шире. Конструкция «Пионера» не оставляла желать ничего лучшего, но, будучи построен и для речного, и для морского плавания, он сидел в воде слишком глубоко, что оказалось существенным недостатком на верхнем Шире. В деревне Чибизы путешественников ожидали тревожные вести. Покровительство португальцев торговле невольниками в этой стране уже было открытым; они воспользовались путями, найденными Ливингстоном, и местность, недавно столь мирная, находилась теперь в величайшем смятении благодаря шайкам аявов, грабившим манганджей и уводившим пленников для продажи в португальские колонии. Вскоре Ливингстон мог лично убедиться в справедливости этих слухов. Начальник деревни, где он остановился, известил его, что здесь должна пройти партия невольников, отправляемая в Тете. Являлся серьезный вопрос, как в этом случае должна поступить миссия? По совету Ливингстона решено было выкупить невольников, чтобы показать туземцам различие между англичанами и португальцами. Но предводители каравана, едва завидев англичан, бежали в лес, бросив рабов. Последние были освобождены из своих цепей и рогаток, и им было предложено возвратиться домой или остаться при миссии; все они, числом восемьдесят четыре, предпочли остаться. Манганджи выказывали большое расположение к англичанам. Чигунда, начальник одной из их деревень, просил Макензи основаться у него, в Магомеро. Ливингстон советовал принять предложение Чигунды, позволявшее миссии поселиться вблизи озера Ньяса и реки Рувумы, вне сферы непосредственного влияния португальцев. Ввиду того, что эта местность терпела от набегов аявов, решено было вступить с ними в сношение. Вскоре аявы появились в окрестностях Магомеро и сожгли одну из деревень. Оставив освобожденных невольников, миссионеры отправились навстречу аявам, чтобы начать переговоры с ними. Однако те окружили их, намереваясь поступить с ними так же, как и с манганджами. На все уверения, что белые пришли с мирными целями, они отвечали стрелами и пулями, наступая все более и более на европейцев. Когда аявы с дикими криками и плясками, продолжая выпускать стрелы и стрелять из ружей, приблизились к путешественникам на расстояние семидесяти пяти шагов, те поневоле должны были сдержать их натиск оружием. Несмотря на очевидную необходимость, обращение оружия против человека чрезвычайно потрясло Ливингстона; он, никогда не носивший даже револьвера иначе как на охоте, в эти тревожные минуты вынужден был вооружиться. Его заботили и будущие отношения епископа Макензи и его спутников к хищникам, посещавшим эту страну. Все, кроме него, склонялись к насильственным действиям против аявов, чтобы заставить их прекратить набеги. Ливингстон убеждал епископа, решившегося остаться в Магомеро, быть как можно осторожнее и не вмешиваться в распри туземцев. Выбрав удобное место под тенистыми деревьями на берегу реки Магомеро, епископ приступил к основанию поселения, а Ливингстон простился с ним, чтобы заняться исследованием озера Ньяса и окружающей его страны.