Английский военный фрегат привел «Пионер» на буксире к устью Рувумы. Долина этой реки, окруженная с обеих сторон возвышенностями, вначале имела ширину одного-двух часов пути. Прибрежное население, будучи напугано работорговцами, сперва разбегалось при виде двух больших лодок с белыми людьми; одни племена соглашались уступать путешественникам свои продукты, другие угрожали им стрелами. В одном месте, где река суживается, опасность от дикарей, преследовавших лодки по берегу, обещала сделаться весьма серьезной, и ехавшие на лодках спаслись только благодаря неожиданно поднявшемуся ветру. Выше прибрежные жители оказывались дружелюбнее, но зато река становилась все уже и утесистее. В 259 верстах от устья путники встретили пороги и узнали, что далее проход по реке еще более стесняется скалами. Вместе с тем они узнали, что Рувума не вытекает из озера, а берет свое начало в горах. Это обстоятельство заставило Ливингстона отдать предпочтение пути через Шире.
10 января 1863 года «Пионер», ведя «Леди Ньяса» на буксире, уже поднимался по Шире. Красивая долина реки представляла ужасную картину. Разбойник Марианну по оплошности португальцев получил свободу и возобновил свои грабежи в еще больших размерах чем прежде. Повсюду виднелись сожженные деревни, блуждающие голодные люди и истлевающие трупы. Несмотря на множество крокодилов река была переполнена человеческими телами; ночью их так много прибивало к пароходу, что утром приходилось очищать от них путь. К этим ужасам присоединялась еще засуха и порождаемый ею голод. Ливингстон употребил все свои усилия, чтобы обратить внимание английского и португальского правительств на страшное положение недавно столь цветущей области, но его письма к лорду Росселю и португальским резидентам ни к чему не повели, кроме бесплодной дипломатической переписки и неисполненных обещаний.
Пароходы поднимались с большими затруднениями вследствие постоянно возраставшего обмеления реки; на одной мели пароход должен был оставаться около двух недель, прежде чем мог двинуться дальше. Дойдя до первого из водопадов Мерчисона, «Леди Ньяса» в разобранном виде надо было нести на пространстве около шестидесяти вест и для этой цели очищать дорогу от камней и деревьев. За недостатком овощей все продовольствие состояло из соленого мяса, что вызывало сильные дизентерии. Доктор Керк и брат Ливингстона настолько расстроили свое здоровье, что возвращение в Англию для них казалось необходимым. Наконец и сам Ливингстон занемог и проболел более месяца. Оставшись только с двумя из спутников, он все еще не отказывался от намерения доставить пароход до озера Ньяса. Это намерение не осуществилось, так как была получена депеша лорда Росселя, отзывавшая экспедицию на том основании, что ее цель – проложить новый торговый путь для Англии – не была достигнута и стоимость ее превысила первоначальные предположения. Ливингстон предугадывал это решение своего правительства, и оно огорчало его только в том отношении, что полагало конец его стремлениям противодействовать провозу невольников через озеро Ньяса. До сих пор он надеялся, что правительство возьмет на себя часть расходов по сооружению «Леди Ньяса», стоившей ему более пятидесяти тысяч рублей, но в депеше лорда Росселя о возмещении его затрат не говорилось ни слова: на помощь правительства уже нельзя было надеяться. Ливингстон решился продать «Леди Ньяса» и на вырученные деньги продолжать дело исследования и просвещения Африки.
По распоряжению правительства «Пионер» должен был возвратиться в Англию. Ранее декабря, то есть до наступления половодья, этого сделать было нельзя, и Ливингстону хотелось воспользоваться свободным временем для обозрения северной части озера Ньяса и области, лежащей на запад от него. Его прежние спутники уже не в силах были примкнуть к нему в новом путешествии, но сам он в предстоявшей ему тяжелой работе находил лишь возможность вырваться от угнетавших его несчастий и неудач. Насколько непрерывная, напряженная деятельность была присуща его натуре, мы видим из тех мест его писем, где он по поводу смерти жены говорит о загробной жизни. В них заметно нечто вроде предчувствия скорой кончины и невозможности завершить начатое им дело, однако смерть не кажется ему окончанием всякой деятельности: он не может примириться с мыслью, что душа его, покинув тело; будет осуждена на бездействие. На вопрос одного из миссионеров, думает ли он вернуться в Англию вместе с экспедицией, Ливингстон ответил: «Мой долг не указывает мне возвращения домой, и потому я остаюсь».