В конце тридцатых годов нашего века разгорелась бурная дискуссия о последней болезни Наполеона. До этого времени всех удовлетворяла версия о том, что он умер от карциномы желудка — это мнение до сих пор некритично повторяется даже во многих новейших исследованиях. Однако в тот момент ряд опытных специалистов по тропической медицине, патологов и клиницистов выразил сомнение в его достоверности. Затем после публикации в 1949 году дневника генерала Бертрана, расшифрованного Флерио де Ланглем, в котором содержится скрупулезное описание последних месяцев жизни Наполеона, стало окончательно ясно, что два описанных выше, четко разграниченных между собой этапа не могли быть этапами одного и того же заболевания. Первая фаза, которая начала обозначаться 1 октября 1817 года и протекала в форме приступов, перемежавшихся периодами хоть и не безболезненного, но все же переносимого состояния, вплоть до ноября 1819 года характеризовалась следующими симптомами: наблюдавшиеся уже с октября 1816 года многонедельные приступы лихорадки сопровождались болью в эпигастрии и порой слизистым поносом. С 1 октября 1817 года возобновились боли в правом отделе эпигастрия, которые на сей раз были более интенсивными, иррадиировали в правое плечо и усиливались при глубоком дыхании. В это время у больного поднималась температура, которая спадала к утру, что сопровождалось обильным потоотделением. Все это привело к существенному общему ослаблению организма. На основании этих симптомов, легкого пожелтения белков глаз и пальпируемой увеличенной и болезненной при надавливании печени уже доктор О’Мара установил воспаление печени, которое на фоне поноса с выделением слизи он определил как Hepatitis tropica — диагноз, к которому после отстранения доктора О’Мары целиком и полностью присоединился доктор Стокоу. Барон Ипполит Ларре, сын знаменитого полевого хирурга наполеоновской армии, на основании анализа всех сообщений о болезни Наполеона на острове Св. Елены в 1892 году также пришел к выводу о том, что у императора был хронический гепатит, эндемически встречающийся на этом острове. И, наконец, в 1913 году ирландский доктор Дж. Кнотт высказался в том же смысле, определив это заболевание как «болезнь Святой Елены». Это мнение поддержал сэр Артур Кейт на основании результатов микроскопического исследования образцов тканей, взятых Антоммарки при вскрытии и хранившихся в возглавляемом им институте. Вслед за крупным специалистом в области тропической медицины сэром Уильямом Лейшманом оба исследователя в 1913 году предположили, что у Наполеона мог быть бруцеллез — инфекционное заболевание, передающееся человеку от овец и коз. Однако тот факт, что при вскрытии селезенка имела нормальные размеры, серьезно противоречит этой гипотезе. Ее ставят под сомнение также сильные приступы лихорадки, продолжавшиеся неделями и вызвавшие существенное ухудшение общего состояния, что практически не имеет места при бруцеллезе.
Самого серьезного внимания заслуживает гипотеза об амебной инфекции, которая, как мы уже знаем, эндемически встречается на острове. Доктор Ги Годлевский при «осмотре места происшествия» получил возможность ознакомиться с архивами колонии и, проанализировав списки английских солдат, умерших во время прохождения службы на острове Св. Елены, выявил следующую закономерность: стоило разместить какую-либо воинскую часть более, чем на полгода на лонгвудском плоскогорье, т. е. там, где находился Наполеон, как смертность среди солдат этой части однозначно возрастала. Годлевский обнаружил, что воду для нужд военного лагеря и для домашнего хозяйства Наполеона брали из одного и того же ручья, который был отведен в ложе из обожженного кирпича, устроенное вдоль дороги. Водой из этого ручья для питьевых целей пользовались солдаты из лагеря, рабочие (в основном вывезенные из Китая) и домашний штат Наполеона. Вполне возможно, что загрязнение воды в ручье могло послужить причиной амебиаза.
При дальнейшем исследовании этой версии выяснилось, что первоначально амебиаз не был известен на острове Св. Елены и первое упоминание о нем относится, вероятно, к 1816 году, т. е. ко времени, когда Наполеон уже находился на острове, и связано, по всей видимости, с появлением на нем китайских рабочих. Вскоре болезнь поразила почти сто человек на борту судна, перевозившего каторжников и зашедшего в Джеймстаун для пополнения запасов воды. Примерно в то же время почти все спутники Наполеона заболели амебной дизентерией, а Франчески Чиприани, мажордом лонгвудского дома, умер от этого заболевания в 1818 году. Более чем вероятно предположить, что эта болезнь не пощадила и Наполеона.