Иероним утверждает (вероятно, вслед за Порфирием), что Антиох был официально коронован египетскими жрецами как царь Египта. Это очень странное заявление. Такое действие было бы несовместимо с политикой Антиоха — не настраивать Рим против себя расширением подвластной ему территории, а также с позицией, которую он занял через несколько недель в беседе с греческими послами, а именно что он признает Птолемея Филометора царем Египта. Я думаю, можно сказать, что Антиох не мог всерьез думать о том, чтобы явиться миру в роли фараона, и что, возможно, его коронование в Мемфисе — вымысел. Но если учесть характер Антиоха, его порывистые, сумасбродные прихоти, его любовь ко всему зрелищному и эффектному, мне кажется вполне допустимым, что этот человек, который позднее в Антиохии любил изображать себя римским эдилом и, надев римское платье, судить споры на рынке, вполне был способен, оказавшись в Мемфисе в 170 году до н. э., велеть жрецам провести над ним древнюю церемонию венчания на царство — не в качестве выражения реальных политических намерений, а ради забавы. Утверждение Иеронима в некоторой степени подтверждается находкой монет с изображением Антиоха, изготовленных, скорее всего, в Египте.
Тем временем в Александрии произошел переворот. Народ и войска свергли Евлея и Ленея и призвали на трон юного брата Птолемея Филометора, тогда еще мальчика лет пятнадцати. Как бы его ни звали до того момента, начиная с этой поры он тоже стал Птолемеем, будучи царем. Позднее он прославится под прозвищем Эвергет, как и его прадед; но пока, чтобы отличить его от Птолемея Филометора, он назывался просто Птолемеем Братом.
По собственной инициативе юного царя или в ответ на народный призыв Александрия перешла в оборону под руководством Комана и Кинея, назначенных мальчиком двух новых министров. Это осложнило бы покорение города для Антиоха, хотя он и удерживал Мемфис и открытые пространства Дельты. Послы из Греции, находившиеся в тот момент в Александрии, отправились в лагерь Антиоха, чтобы попытаться выступить посредниками. Антиох заявил, что он поддерживает дружественные отношения с законным царем Египта Птолемеем Филометором, и все, что должна сделать Александрия, — это принять Птолемея назад. Когда в конце 169 года до н. э. Антиох со своей армией удалился из Египта, он оставил страну разделенной: Птолемей Филометор царил в Мемфисе, а Птолемей Брат — в Александрии. Антиох, очевидно, не собирался господствовать над Египтом; ему было достаточно ввергнуть страну в беспомощное состояние. Он лишь оставил гарнизон в Пелусии, чтобы держать дверь в Египет открытой, если он надумает вернуться.
Зимой 169/68 года до н. э. политика Антиоха потерпела крах. Между Александрией и Мемфисом состоялись переговоры; возможно, девочка-царица Клеопатра взяла в свои умелые руки задачу по примирению двух ее братьев. Они заключили соглашение о том, что будут совместно править в Александрии, а Клеопатра, как и раньше, останется женой Филометора. Это примирение вызвало новое вторжение Антиоха в Египет весной 168 года до н. э. Одновременно селевкидский флот овладел Кипром. На Кипре не обошлось без сражений, но в Египте Антиох, видимо, не встретил сопротивления. Филометор напрасно отправлял посольство к Антиоху, чтобы с благодарностью сообщить ему, что племяннику больше не требуется его присутствие с армией в Египте. Антиох снова явился в Мемфис и оттуда неторопливыми переходами двинулся на Александрию. Но теперь, после окончательного разгрома Персея в Пидне (в июне 168 года до н. э.), у Рима освободились руки, и он смог ответить на громкий крик о помощи, с которым к нему тщетно взывали из Александрии, пока продолжалась его война с Македонией. В Элевсине, на окраине Александрии, Антиох столкнулся с римским посольством во главе с Гаем Попиллием Лаэном, который объявил ему волю сената — Антиох должен немедленно убраться из Египта. И тогда состоялась знаменитая сцена: Попиллий рисует жезлом круг на песке вокруг селевкидского царя и говорит ему, что он должен дать ответ, прежде чем шагнет из круга. Когда римские послы благополучно проводили Антиоха с его армией из Египта, они отправились на Кипр и заставили победоносный селевкидский флот удалиться с острова. Келесирия осталась во владении Селевкидов, но ненадолго. Новому противнику вскоре суждено было подняться внутри самой страны — еврейским националистам во главе с родом Хасмонеев, которые в течение нескольких следующих поколений завоюют для независимого еврейского государства большую часть провинции, столь долго бывшую предметом спора между двумя великими македонскими династиями.