Этот мегаполис, в котором жило около миллиона людей, уступавший размерами одному лишь Риму и превосходивший его в технических и научных знаниях, был хорошо подготовлен к осаде: жители располагали всем необходимым для производства оружия и метательных снарядов. Ахиллей взял на себя руководство обороной и запретил думать о сдаче. Армия Диоклетиана лучше всего действовала в открытом бою, однако он был вынужден разделить ее на части, чтобы перекрыть городу сообщение с внешним миром и подчинить оставшуюся часть страны; он предпочел медленное удушье осады дорогостоящему штурму. Поэтому он обложил Александрию плотным кольцом, перерезав акведуки, снабжавшие город водой. Защитники держались с упрямым упорством. Возможно, они надеялись на помощь от Персии — хотя бы на нападение, которое заставило бы Диоклетиана прервать осаду. Один источник говорит, что Ахиллей, возможно, пытался прорвать кольцо, но потерпел неудачу. В любом случае, помощь не пришла. Галерий удержал Сирию и планомерно укреплял свои позиции, а восстание в остальном Египте тем временем было подавлено. Весной 298 года после неожиданно длительного и упорного восьмимесячного сопротивления измученные александрийцы наконец капитулировали. Диоклетиан, разгневанный их предательством и упрямством и, вероятно, опасаясь за будущую безопасность на Востоке, не был расположен проявлять милосердие. Судьба мятежных александрийцев должна была долгие годы служить грозным примером для всех возможных бунтовщиков: всех, кто открыто поддерживал восстание, предали мечу. Согласно одному источнику, Диоклетиан, глухой к мольбам о пощаде, поклялся, что бойня не прекратится, пока кровь убитых не достигнет колен его коня. Но конь неожиданно упал, коснувшись коленями земли, и при этом знамении император наконец приказал остановить убийства. В благодарность ироничные александрийцы позднее поставили коню Диоклетиана бронзовую статую.[140]
В остальном Египте римская власть была утверждена железной рукой. Согласно Евсевию, города Копт и Бусирис, бывшие ядром восстания, были буквально уничтожены. Новые законы о налогах и перепись земель продолжались непосредственно под надзором императора; Египет лишился своего исконного права на чеканку собственной монеты и был разделен на административные единицы. Нижний Египет, дельта Нила и Фаюм были формально отделены от новой южной провинции Фиваида, хотя финансовый контроль над ними остался единым. Как и во всей остальной империи, гражданская и военная власть были полностью отделены друг от друга. Диоклетиан проехал во главе армии вверх по Нилу, окончательно разбив банды блеммиев, которые воспользовались беспорядками в стране. Прогнав их из Верхнего Египта, он укрепил рубежи; граница Фиваиды была отодвинута на север к Филам и Элефантине, к первым порогам, и наиболее сговорчивые ливийские нобаты поселились, согласно заключенному договору, на свободной земле. Они должны были служить буфером между римскими территориями и кочевыми племенами блеммиев, при поддержке римского гарнизона в Фиваиде и ежегодных денежных субсидий. О походе Диоклетиана по Египту напоминают арка в Филах и стела в старинном стиле, хранящаяся в Британском музее: на ней Диоклетиан, изображенный наподобие фараона, приносит жертву богу-быку Апису. Два новых города были названы Диоклетианополь и Максимианополь; один из них, возможно, был бывший Копт.