«Вина Кулиша, также не принадлежавшего к Украйно-славянскому обществу (так в записке именуется Кирило-Мефодиевское братство, прим. авт.), в некоторой степени сходна с преступлением Шевченко. Любя пламенно свою родину — Малороссию, он в напечатанных им книгах с восторгом описывал дух прежнего казачества, наезды гайдамаков изображал в виде рыцарства, представлял историю этого народа едва ли не знаменитее всех историй, славу его называл всемирною, приводил песни украинские, в которых выражается любовь к вольности, намекая, что этот дух не простыл и доселе таится в малороссиянах; описывал распоряжения Петра I и преемников его в виде угнетений и подавления прав народных. Книги Кулиша могли бы производить почти то же впечатление на малороссиян, как и стихи Шевченко, тем более, что сочинены для детей старшего возраста. Разница между ними состоит в том, что Кулиш выражал свои мнения всегда с приличием и, увлекаясь любовью к Родине, вовсе не предполагал, что эти мнения его могут быть приняты или истолкованы в дурном смысле. Когда указали Кулишу на двусмысленные места в его книгах, он с ужасом увидел, что мысли его действительно могли произвести вредные последствия. Кулиш вполне понимает, что сколько ни любил родины своей Украины, он обязан быть ещё более предан отечеству — России, — и уверяет, что никогда не думал иначе, что выражая любовь к родине, он и не помышлял смущать или колебать верноподданность её к престолу Вашего и. в.».
В результате разбирательства Пантелеймон Александрович, легко отделался: его поместили на 2 месяца в арестантском отделении военного госпиталя, а оттуда отправили на поселение в Тулу. За три года и три месяца в Туле Кулиш написал «Историю Бориса Годунова и Дмитрия Самозванца», исторический роман «Северяки», который позднее был опубликован под названием «Алексей Однорог», автобиографический роман в стихах «Евгений Онегин нашего времени», роман «Пётр Иванович Березин и его семейство, или Люди, решившиеся во что бы то ни стало быть счастливыми».
Накануне 25-летия царствования Николая І — вероятно, благодаря ходатайствам сенатора Кочубея — Кулиш был амнистирован. Знакомство Пантелеймона Александровича на Полтавщине (где Кулиш хотел приобрести собственный хутор) с матерью Николая Гоголя побудило Кулиша начать подготовку шеститомного собрания сочинений и писем Николая Васильевича.
Знакомство с творческим наследием и мыслями Гоголя постепенно производит идейный переворот во взглядах Пантелеймона Кулеша. Он потихоньку отходит от своих ранних взглядов, и хотя в нём продолжает жить местный патриотизм и он всем сердцем болеет за малорусскую литературу, но с каждым годом он становится всё большим общерусским патриотом.
И если в 1857 году Пантелеймон Александрович издает не только первый роман на украинском языке «Чёрная рада», но и грамматику, прозванную впоследствии «кулишовкой», основной принцип которой звучал «как слышится, так и пишется», то десятилетие спустя Кулиш публично откажется от своего детища. «Клянусь, — писал Кулиш галичанину Омеляну Партицкому, — что если ляхи будут печатать моим правописанием в ознаменование нашего раздора с Великой Русью, если наше фонетическое правописание будет выставляться не как подмога народу к просвещению, а как знамя нашей русской розни, то я, писавши по-своему, по-украински, буду печатать этимологической старосветской орфографией. То есть мы себе дома живём, разговариваем и песни поём не одинаково, а если до чего дойдёт, то разделять себя никому не позволим. Разделяла нас лихая судьба долго, и продвигались мы к единству русскому кровавой дорогой, и уж теперь бесполезны людские попытки нас разлучить».
Поднявшаяся в начале 60-х годов XIX века волна общерусского патриотизма, направленная против польского мятежа 1863 года, увлекает и Пантелеймона Александровича. После подавления мятежа Кулиш поступает в Варшаве на службу, связанную с активным проведением пророссийской политики в Надвисленском крае (так стали именовать Польшу после 1863-го).
По ходу работы в Польше Кулиш знакомится с обширным пластом документов, посвящённых казацким восстаниям в Речи Посполитой. И на основании их в 1873-м году Пантелеймон Александрович подготовил трехтомное исследование «История воссоединения Руси», в котором стремился документально подтвердить идею исторического вреда казачьих движений XVII века и восславить культурную миссию польской шляхты и Российской империи в истории Малороссии.