В тяжелый и грозный час согласился генерал Назаров стать Донским атаманом, а генерал Попов принял назначение на пост Походного атамана. Нужно было глубокое сознание долга, чтобы не уклониться от ответственности. В распоряжении генерала Попова находились только немногочисленные партизанские отряды да три сотни юнкеров, так как остатки еще не разошедшихся по домам строевых частей не исполняли больше никаких боевых приказов. Попытка привлечь к обороне казачьи дружины ближайших к Новочеркасску станиц успеха не имела, и стало очевидно, что одни партизаны, несмотря на весь их героизм, не смогут долго сопротивляться напору многочисленных и хорошо вооруженных отрядов большевиков. Занятие последними Новочеркасска и установление на Дону советской власти было неизбежно в ближайшем будущем, но формирование партизанских отрядов все же продолжалось. Генерал Попов и некоторые из его сотрудников, зная казаков и их веками сложившийся быт, считали, что они недолго уживутся с новыми пришельцами, ломавшими все старые устои, и конфликт казачества с большевизмом неизбежен. К этому моменту нужно было сохранить организованные вооруженные кадры, на которые можно будет опереться, и тогда же был намечен план увода партизанских отрядов в глушь Донских степей, где им легче будет продержаться некоторое время в ожидании грядущих событий. С партизанами должен был уйти и последний выборный Донской атаман генерал Назаров.
После оставления Ростова Добровольческой армией 9 февраля донские партизаны продолжали сдерживать напор красных на северном направлении, но неожиданное прибытие 11 февраля революционного казачьего отряда войскового старшины Голубова в ст. Кривянскую, создав угрозу с тыла, заставило принять решение о немедленном отходе партизан в степи. 12 (25) февраля 1918 года Новочеркасск был оставлен, и партизанские отряды отошли в ст. Старочеркасскую. Атаман Назаров в последнюю минуту изменил свое решение и остался в Новочеркасске, где в тот же день был арестован и вскоре расстрелян. Красная большевистская волна захлестнула Дон.
Не склонили головы перед красными захватчиками одни лишь партизаны во главе с Походным атаманом генералом Поповым, на которого легла тяжелая ответственность за сохранение и наилучшее использование этих стойких бойцов в дальнейшей борьбе за освобождение от большевистского ига.
Пока добровольцы, оставив Ростов и сосредоточившись в ст. Ольгинской, приводили себя в порядок, руководители Добровольческой армии, созвав военный совет, обсуждали вопрос о дальнейших действиях. На совете обнаружилось два течения. Генерал Корнилов, поддержанный генералом Лукомским, предлагал двинуться в отдаленный от железной дороги и малонаселенный район на стыке Дона, Кубани и Ставропольской губернии, где было легче отбиваться от большевиков. Генерал Алексеев и генерал Деникин стояли за движение на Кубань, богатую продовольствием и фуражом, надеясь найти поддержку у кубанских казаков и создать базу в Екатеринодаре, так как этот город еще не был во власти большевиков. На втором заседании военного совета 12 февраля было решено идти на Кубань. Решение это могло быть только условным, так как вожди Добровольческой армии еще не знали, каковы были намерения Походного атамана.
13 февраля состоялась встреча генерала Попова с генералом Корниловым в ст. Ольгинской и, так как их взгляды совпадали, ему удалось убедить генерала Корнилова о совместном движении в район зимовников. Согласно принятому плану, Добровольческая армия двинулась в направлении на Торговую, а отряд Походного атамана на Великокняжескую. Однако в ст. Егорлыцкой Добровольческая армия изменила свое решение и 21 февраля повернула на Кубань, послав предложение Походному атаману присоединиться к ней.
Его отряд в это время уже втянулся в боевые операции, и по занятии Великокняжеской, после совещания с начальниками партизанских отрядов, генерал Попов это предложение отклонил, так как донские партизаны имели задачу способствовать освобождению Дона и должны были оставаться на Дону.
Природный донской казак, сын известного на Дону общественного деятеля Х.И. Попова, основателя и хранителя Донского музея, хорошо знавший историю Дона, нравы и быт казаков, генерал Попов глубоко верил, что пассивность донских казаков временна, что они не снесут долго красное иго, что восстание на Дону неизбежно. Эта вера, а не честолюбие, в котором неосновательно упрекали его, была причиной его отказа следовать с Добровольческой армией на Кубань. Последующие события подтвердили правильность решения генерала Попова и его великую прозорливость, опровергнув расчеты и предложения руководителей Добровольческой армии.