Следующий уровень самоуправления представляли губные старосты. Духовенство, дворянство и чёрные крестьяне выбирали в городе и уезде из высшего дворянства двух губных старост, которые вели следствие и суд по особо опасным делам, могли выносить смертные приговоры. Они подчинялись созданному ещё в 1539 году Разбойному приказу (ныне МВД). В помощь им выбирались из «лучших» посадских и крестьян губные целовальники (присяжные заседатели), дьячки (секретари) и полицейские чины (сотские, пятидесятские, десятские). Губные старосты и выборные городовые приказчики (судейские чиновники) осуществляли контроль над земством. Помещичьих и боярских крестьян судили сами помещики и бояре, за исключением дел, связанных с убийством и грабежом.
Завершена была реорганизация центрального управления тем, что управление стало строиться не по территориальному, а по ведомственному признаку. Самыми важными являлись приказы Посольский, Разрядный, Разбойный, Большой приход (сбор налогов). Причём приказы дополнительно получили судебные функции.
Лев Тихомиров так суммирует административное устройство земской Руси:
«Воевода, как представитель царя, должен был смотреть решительно за всем: чтобы государство было цело, чтобы везде были сторожа, беречь накрепко, чтобы в городе и уезде не было разбоя, воровства и т. д… Воевода ведал вообще всеми отраслями ведения самого государя, но власть его не безусловна и он её практиковал совместно с представителями общественного самоуправления. Вторым лицом после воеводы является губной староста, ведавший дела уголовные. Его выбирали дворяне и боярские дети.[22]
Затем следует земский староста — власть, выбранная городским и уездным населением. При нём состояли выборные от уездных крестьян советники. Они составляли земскую избу. Дело земского старосты и советных его людей состояло в раскладке податей, в выборе окладчиков и целовальников. В дело распределения оклада воевода не мог вмешиваться точно так же, как и в выборы, не мог сменять выборных лиц и вообще не имел права „вступаться“ в мирские дела. Кроме выборов, земская изба заведовала городским хозяйством, развёрсткой земли и могла вообще обсуждать все нужды посадских и уездных людей, доводя, о чём считала нужным, воеводе же или в Москву…
У крестьян уездных, кроме общей с городом земской избы, были и свои власти. Крестьяне выбирали своих общинных старост, „посыльщиков“ (для сношения с воеводой и его приказными людьми), выбирали земского пристава „для государева дела и денежных сборов“. Приходы выбирали также священников и церковных дьячков, которые имели значение сельских писарей. По грамотам Грозного, монастырские крестьяне избирали у себя приказчиков, старост, целовальников, сотских, пятидесятских, десятников… Монастыри определяли свои отношения к крестьянам „уставными грамотами“… Всякие правители, назначаемые в города и волости, не могли судить дел без общественных представителей… Наконец, по всем вообще делам народ имел самое широкое право обращения к Государю».