В 1880 г. С. И. Был отдан в приготовительный класс Переяславского духовного училища; в течение всего времени обучения в этом училище он жил на квартире со своим старшим братом и группой товарищей. На первых порах своей училищной жизни С. И., может быть вследствие недостаточной домашней подготовки, не отличался блестящими успехами, но уже к половине училищного курса занял первое место среди своих сотоварищей, удержав это место и при переходе в семинарию. Громадное влияние на С. И. в этот период его жизни имел дядя его по матери, Михаил Васильевич Загорский (ныне еп. Муромский Митрофан), состоявший тогда учителем греческого языка и церковного пения в Переяславском духовном училище и живший вблизи от того дома, где квартировал С. И. Сам в высшей степени трудолюбивый и исполнительный по службе, зорко следивший за воспитанием и учебными занятиями своих детей, он не упускал из виду и своего племянника, внимательно наблюдая за его поведением и успехами в училище и ежедневно выслушивая задававшиеся ему уроки: ему‑то С. И., несомненно, много обязан той привычкой к строгой добросовестности и методичности в своих учебно–научных занятиях, которой он впоследствии изумлял своих товарищей и по семинарии и по академии. Влияние этого же дяди на С. И., может быть, имело и более специальный характер. М. В. Загорский в то время усердно занимался изысканиями в области местной церковной истории, приводя в порядок и известность старинные архивы бывших Переяславской Духовной консистории и Духовного правления[875]
. К посильному участию в этих своих архивных занятиях М. В. привлек и своего любознательного племянника, который, по словам преосвящ. Митрофана, таким путем уже в то время приобрел некоторый навык обращаться со старинными рукописями и «делами». Может быть, среди таких занятий, в роли ученого сотрудника своего дяди, уже в ту пору зародился в С. И. тот интерес к изучению родной старины и вообще к исторической науке, который, во всяком случае, сказался в нем рано, определившись вполне ярко еще на семинарской и студенческой скамьях.Среднее образование С. И. получил в Вифанской духовной семинарии. Талантливый, трудолюбивый и скромный юноша, он в течение всех лет обучения в ней занимал первые по успехам места в своем классе. Из своих семинарских наставников он с особенной любовью вспоминал впоследствии о Н. П. Добронравове, преподававшем богословские науки.
Окончив семинарский курс весной 1891 г., С. И. осенью того же года держал приемные экзамены в Московскую духовную академию в качестве волонтера[876]
. Эти экзамены не были для него вполне удачными: в общем списке из 70 воспитанников, державших вступительные экзамены в академию, из которых поступили в нее 59, его фамилия значится лишь под 20–м номером. Но, поступив в академию с таким относительно скромным успехом, С. И. уже при переходе с 1–го курса на 2–й занял третье место в разрядном списке, а при переходе со 2–го на 3–й — второе и окончил академию в 1895 г. вторым студентом[877].Будучи студентом, С. И., по воспоминаниям его однокурсника, ныне профессора богословия в Московском сельскохозяйственном институте о. И. А. Артоболевского, отличался удивительным научным трудолюбием: «Он буквально весь уходил в занятия. И это с первых шагов академической жизни, с первого семестряка». Внешняя обстановка студенческой жизни С. И. далеко не всегда была благоприятной для научных занятий. На первом курсе номер, в котором пришлось обитать С. И., вспоминает И. А. Артоболевский, «был проходным; здесь была «большая дорога» в чайную из других номеров. И вот мне врезалась в память совершенно ясно такая картина, которую я наблюдал два раза в день. С. И. занимал за столом крайнее к «большой дороге» место. Несмотря на постоянную ходьбу мимо него и шмыганье, он совершенно прямо сидит на стуле часами и, не отвлекаясь, делает свое дело — читает, выписывает, переписывает и пр.», «Он был удивительно методичен, трудолюбив и усидчив в занятиях. Он был едва ли не самым трудолюбивым и усидчивым из всех наших товарищей». Меткие слова С. И., сказанные им несколько позднее, в его блестящей речи — биографическом очерке А. В. Горского: «Ведь это предрассудок, будто можно что‑нибудь сделать в науке без большого труда, одними дарованиями» (Богословский вестник. 1900, XI, 401), — очевидно, уже в ту пору его студенчества были его глубоким жизненным убеждением. Это исключительно серьезное отношение к научным занятиям, равно как «постоянная сосредоточенность (с примесью какой‑то внутренней грусти)», являвшаяся «органической чертой в духовном складе» С. И., никогда не принимавшего участия в студенческих пирушках, «остававшегося в таких случаях больше молчаливым созерцателем происходящего», могла, по словам И. А. Артоболевского, производить на людей, мало знавших С. И., впечатление «какой‑то намеренной отчужденности» его от товарищей, но при ближайшем знакомстве с ним это впечатление совершенно исчезало, и было ясно, что «товарищество он любил, ценил и понимал во всей его наличной данности».