Падение творческой энергии и изменения личности стали заметны особенно в 1848 году. Из Иерусалима вернулся, по словам сестры его Ольги, «со страдальческим лицом, чувствовал себя несчастным, часто сидел в оцепенении, утратил сон и аппетит, жаловался на гнетущую тоску. Дом обратился в гроб, ходили на цыпочках, говорили шопотом, все замерло».
Вторая сестра Гоголя, Елизавета, заметила, что он «сильно изменился, ничто его не веселит, серьезен, редко улыбается и такой холодный и равнодушный к нам». В конце 1848 года, когда Гоголь из Васильевки приехал в Москву, его посетил Н. В. Берг и описал впечатление, которое тот на него произвел. Он очень тонко подметил изменение мимики, манерность и вычурность в движениях и походке: «Гоголь ходил из угла в угол, руки в карманах. Походка мелкая, неверная, как будто одна нога спешила заскочить вперед, от чего один шаг был шире другого. В фигуре было что-то сжатое, скомканное. Взгляд бросал туда и сюда, исподлобья и наискосок».
В том же 1848 году Аксаков писал, что Гоголь «изменился сильно в существе своем». Он обратил внимание на необычность его одежды, в которой он встретил его, Жуковского, и доктора Овера. Аксаков пишет, что Гоголь «был в фантастическом уборе: вместо сапог на нем были длинные шерстяные чулки выше колен, вместо сюртука фланелевый камзол, а поверх него бархатный спензер. Шея обмотана шарфом, а на голове красовался малиновый колпак, и он не стеснялся своего наряда».
В 1848 году Гоголь стал уже более открыто говорить о влиянии «нечистой силы». «Черт ближе к человеку, он бесцеремонно садится на него и управляет им, заставляя делать дурачества за дурачествами», – писал он в одном из писем друзьям.
Бредовые идеи греховности, самообвинения и самоуничижения продолжали проникать все больше в его сознание, хоть в письмах он об этом упоминает лишь вскользь и намеками из-за отсутствия их критики. Мысль об искуплении грехов не давала ему покоя, лишала сна. По своим убеждениям и поступкам Гоголь всегда был альтруистом. Он так же, как и его мать, старался помогать бедным. Профессора Шевырева, у которого хранились его сбережения, он просит все его гонорары за сочинения отдавать бедным студентам, несмотря на то, что имел много долгов. В частности, задолжал Аксакову и Погодину крупные суммы денег, к тому же мать не раз обращалась к нему за денежной помощью. Но это не остановило его в своем решении.
Затруднения в творческой деятельности продолжались и в 1849 году. В письме к Смирновой Гоголь жалуется: «Нервы расшатались и ввергли меня в такое уныние, в такую нерешительность, что я весь истомился».
Болезнь наступала на него все больше, изменяя его мышление и поведение, затрудняя его литературную работу, но не затрагивая интеллекта, который оставался довольно высоким. Гоголь понимал свою несостоятельность и крайне болезненно относился к этому. Хотя тупость мысли была скорее кажущейся, как следствие тормозного процесса в головном мозгу.
В 1849 году Гоголь писал Жуковскому: «Мне нужно большое усилие, чтобы написать не только письмо, но даже короткую записку. Не могу понять, что со мной делается, от преклонного ли возраста (ему 40 лет), или от изнурительного болезненного состояния, или от климата». Его все чаще посещали мысли о возможности смерти, о том, что жизнь его «держится на волоске». Зимой в Москве чувствовал себя хуже и зимний сезон 1850–1851 годов провел в Одессе. Оттуда писал родным: «Думал запастись на юге здоровьем надолго, но не тут-то было. Моя работа – это моя жизнь, а мне не работается и не живется». Взлеты вдохновения, на которые он рассчитывал во время пребывания в Одессе, его не посещали. Настроение чаще было подавленным. Но аффективные колебания не отражались на его интеллекте, он оставался высоким. Страдало мышление. Постепенно нарастало изменение личности. Еще в 1840 году это было уже заметно по его поведению и выражению лица. Манерность и вычурность в облике и в движениях были отмечены у него довольно рано.
Душевная болезнь Гоголя, поражая эмоциональную сферу и воздействуя на мышление, не затрагивала его интеллект. Он оставался высоким до конца его дней. Гоголь продолжал работать над вторым томом «Мертвых душ», который завершил к концу жизни, но не спешил публиковать, видимо, из-за амбивалентности и появления бредовых идей самообвинения и греховности.