В январе 1563 г. Мария отозвала Мейтланда из Лондона, заявив, что назначает его своим главным советником. Она уже окончательно простила его за прежние интриги с Сесилом. Будучи убежденным протестантом, а значит, человеком, религиозные убеждения которого значительно отличались от религиозных убеждений Марии, он до сих пор доказывал свою верность монархии. Чувство долга побуждало Мейтланда с готовностью принять роль королевского слуги, что делало его более ценным для Марии, чем Морей, грубоватые, но раздражающе высокомерные манеры которого все чаще вызывали ее неудовольствие. Она также считала, что ее незаконнорожденный брат слишком склонен к манипулированию и слишком амбициозен, чтобы оправдать ее ожидания. Более того, многолетнюю дружбу Мейтланда с Сесилом Мария теперь могла использовать в своих интересах.
При этом Мария предоставила Морея воле судьбы. Она назначила коварного и вероломного Мортона на должность канцлера вместо Хантли. Королева еще не осознала степени его двуличия. Протестант Мортон был слишком продажен и распутен, чтобы присоединиться к Ноксу и кальвинистам. Мария знала, что Мортон поддерживал мятеж против ее матери, но его участие было признано незначительным. Повысив его, Мария рассчитывала добиться лояльности влиятельного клана Дугласов и в то же время создать противовес Морею, который, по всей видимости, был недоволен своим отдалением от королевы.
Мария начинала укреплять свою королевскую власть. Она пыталась контролировать фракции аристократов, создав широкую коалицию советников, что в будущем позволит ей проводить жесткую политику в отношении Елизаветы и Сесила, поскольку теперь она пользовалась более широкой поддержкой в стране, чем прежде. Чтобы помочь в создании этой коалиции, она попросила Мейтланда порекомендовать несколько новых членов суда и Тайного совета. Среди них были и католики, например Атолл, и протестанты, в частности лорд Рутвен, что соответствовало цели Марии — поддерживать идеалы служения и верности короне, которые были выше фракционных разногласий.
Далее Мария предприняла попытку поднять влияние в Европе. В конце января она написала два письма. Одно предназначалось дяде, кардиналу Лотарингскому, а другое — папе римскому. Она просила дядю замолвить за нее слово перед понтификом. Само послание нельзя было доверить бумаге, но его цель очевидна — сделать Марию более привлекательной для претендентов на ее руку из числа католиков. В письме к папе римскому она называла себя «самой преданной дочерью», дядя которой лично объяснит «состояние наших дел» и «нашу нужду в помощи и расположении Вашего святейшества».
13 февраля Мейтланд отправился в Лондон и Париж, снабженный двумя наборами инструкций. Первый относился к позиции Марии относительно французских религиозных войн после того, как английские войска высадились в Нормандии. Она предложила себя в качестве независимого арбитра. Это был явно неудачный шаг, — хотя возможно, просто дипломатическая хитрость. Елизавета решительно поддерживала гугенотов и на этом этапе не рассматривала вопрос о посредниках, а для Екатерины Медичи война складывалась слишком удачно, чтобы думать о мире.
Второй набор инструкций имел отношение к дебатам в английском парламенте. Если интересы Марии будут ущемлены, Мейтланд должен настаивать на праве выступить и выразить свой протест, чтобы ее претензии были официально зарегистрированы. Вряд ли это была уловка, но парламент в любом случае не стал бы его слушать. Сесил позаботился о том, чтобы в парламент было избрано как можно больше протестантов, а затем предоставил слово своим друзьям. Сэр Ральф Садлер — посланник Генриха VIII, всегда восхищавшийся маленькой Марией, несмотря на то что был обманут ее матерью, теперь обрушился на нее с нападками, которые носили националистический оттенок. «Теперь если эти гордые, нищие шотландцы, — сказал он, — с таким презрением отвергают превосходство Англии… почему мы должны признавать их превосходство или соглашаться на то, что шотландец будет наследником короны нашего государства?»