Членом Святейшего Синода был архиепископ Новгородский Феодосий III (Яновский). После смерти Петра он предпринял попытку возрождения патриаршества, но из этого ничего не вышло.
Прусский посланник Густав фон Мардефельд докладывал 15 мая 1725 г. королю Фридриху Вильгельму: «Архиепископ Новгородский, первое духовное лицо в государстве, подвергнут опасному следствию и, по слухам, совершил государственную измену.
Его намерение было сделаться незаметным образом патриархом. Для этой цели он сделал в Синоде, и притом с внесением в протокол, следующее предложение: председатель теперь умер, император был тиран, который не уважал религии, а напротив, лишил духовенство его собственности; императрица не может предстоять Церкви, а следовательно, дошла теперь очередь до него сделаться председателем Синода. Весь Синод объявил ему, что они знать ничего не хотят о его предательстве. Чем был император, тем же теперь — императрица, без приказаний которой они ничего не предпримут» (цит. по: Августин, архимандрит. Православный Петербург в записках иностранцев. СПб., 1995).
Слова Феодосия тут же донесли до Екатерины I, после чего ему было отказано в посещениях императрицы. Какое-то время архиепископ еще исполнял обязанности председателя Синода, но вскоре его сослали в старинный Николо-Корельский монастырь в Архангельской епархии.
Чтобы понять реакцию общества на приговор Феодосию, следует сказать, что к началу царствования Петра I русская церковь переживала кризис. Высшее духовенство в большинстве своем погрязло в решении личных мирских проблем, стало недоступно для низшего духовенства. Иному настоятелю монастыря с трудом удавалось дойти хотя бы до патриаршего секретаря, а провинциальные архиереи выходили к народу под звон колоколов. В порядке вещей были также брань и избиение низших священников высшими иерархами прямо в церкви.
Нередко молитвы читались «в шапку» — т. е. молитвы действительно скороговоркой произносились в шапку, принесенную кем-либо в церковь. Дома хозяин шапки ее надевал, после чего считалось, что на него сошла благодать и без посещения храма. Монахи давали в рост деньги, за плату от мужей насильно постригали в инокини опостылевших жен.
Митрополит ростовский Димитрий (святой Димитрий Ростовский) писал об этом периоде в жизни русской церкви: «Окаянное наше время! И не знаю, кого прежде надобно винить, сеятелей или землю, священников или сердца человеческие, или тех и других вместе? Иереи небрегут, а люди заблуждаются, иереи не учат, а люди невежествуют, иереи слова Божьего не проповедуют, а люди не слушают и слушать не хотят. С обеих сторон худо: иереи глупы, а люди неразумны… О, окаянные иереи, не радящие о доме своем!.. Что тебя привело в чин священнический, то ли, дабы спасти себя и других? Вовсе нет, а чтобы прокормить жену, детей и домашних… Ты поискал Иисуса не для Иисуса, а для хлеба куса!».
Петр I издал указ, в котором всем предписывалось регулярно посещать церковь и исповедоваться. Ослушникам грозил крупный штраф. Священников под страхом смертной казни обязали доносить о ставших им известными на исповеди фактах злоумышления против государя и государства.
Но вовсе не забота о народной нравственности подвигла Петра к учреждению Святейшего Синода. О нравственности, скорее, заботились старообрядцы, в среде которых такого непотребства не наблюдалось. Как раз на старообрядцев-то и обрушились репрессии государственной машины, винтиком которой стал Синод.
Императору милее был «всешутейший, всепьянейший и сумасброднейший собор» с его шутовскими «кардиналами», «епископами», «архимандритами» и т. д. «Патриархом» собора назначили пьяницу Н. М. Зотова, детского воспитателя Петра. Во время шутовского освящения храма бога Вакха народ крестили связанными крестом курительными трубками. Священников ради забавы заставляли венчать в церкви карликов.
Когда в 1721 г. праздновался заключенный со Швецией Ништадтский мир, Петр устроил и шутовскую свадьбу вдовы недавно помершего Н. М. Зотова с новым князь-папой — П. И. Бутурлиным. Молодых обвенчали в Троицком соборе, что на Городском (Петроградском) острове. Вместо Евангелия выступал ящик с водкой, а шуты пародировали слова и действия священника.
При учрежденном Петром I Синоде существовали специальные чиновники, именовавшиеся инквизиторами, выполнявшие функции аналогично сенатским фискалам. Но, как и служба фискалов, служба инквизиторов просуществовала недолго.