При Петре I Боярская дума в качестве постоянно заседающего органа уже не работала. Для принятия каких-либо решений бояре теперь съезжались на «консилии». Однако Петр не уважал эти многословные сборища и в 1707 г. предложил вести их под протокол. Все бояре должны были его подписывать, «ибо сим всякого дурость явлена будет», а в феврале 1711 г., отправляясь в Прутский поход, Петр I и вовсе оставил вместо себя в Москве комиссию из девяти человек. В изданном в связи с этим указе сказано следующее: «Мы определили управительный Сенат, которому всяк и их указам да будет послушен, как нам самому, под жестоким наказанием, или и смертью, смотря по вине».
Эта комиссия названа Правительствующим Сенатом и должна была действовать на постоянной основе. Первыми сенаторами стали граф И. А. Мусин-Пушкин, боярин Т. Н. Стрешнев, князь П. А. Голицын, князь М. В. Долгоруков, князь Г. А. Племянников, князь Г. И. Волконский, генерал-кригсцальмейстер М. М. Самарин, генерал-квартирмейстер В. А. Апухтин и Н. П. Мельницкий. Обер-секретарем стал Анисим Щукин.
В период 1711–1714 гг. Сенат заседал в Москве. Только в 1714 г. он перебрался в Петербург, где расположился в помещениях еще не достроенного здания Двенадцати коллегий.
Однако четкий круг обязанностей Сената в этот период определен не был. Впрочем, это и неудивительно, ведь при Петре I страна управлялась преимущественно указами. В этих указах Петр самым подробным образом расписывал, что и как следует делать.
Степень влияния Сената на жизнь государства в значительной степени обусловливалась наличием системы комиссаров, которые имелись во всех губерниях и служили проводником и контролером издаваемых указов. На Сенат было также возложено назначение на все военные и гражданские должности, чем ранее занимался разрядный приказ.
А вот что определял Сенату сам Петр на время своего отсутствия: «.. суд иметь нелицемерный, расходов напрасные отставить; денег как можно больше собрать; дворян собрать молодых; вексели исправить; а соли стараться отдать на откуп; торг китайский и персидский умножить; армян приласкать; учинить фискалов…».
Поэтому в обязанности Сената входило, например, разбираться в доносах от специально организованного в том же году фискального ведомства.
В штате этого ведомства тогда состояло около 500 человек во главе с обер-фискалом А. Я. Нестеровым. В задачу сенатских фискалов входило «выведывать случаи злоупотребления и доносить на виновных Сенату, невзирая на чины и звания». В случае подтверждения доноса половина штрафа шла доносчику-фискалу.
И хотя действительно было вскрыто много чиновничьих прегрешений, это создавало почву для многочисленных злоупотреблений.
Нестеров, в частности, выдвинул обвинения в казнокрадстве против сибирского губернатора князя М. П. Гагарина, закончившиеся его казнью. А через несколько лет самого Нестерова колесовали за мздоимство сверх всякой меры. Били кнутом и сослали на каторгу за подделку духовных завещаний и М. Желябужского, сменившего Нестерова в должности обер-фискала.
Для надзора за порядком во время заседаний Сената в 1720 г. стали назначаться офицеры гвардии. Но уже в 1722 г. им на смену пришла система прокурорского надзора как над Сенатом, так и над местными административными и судебными органами. Во главе прокуратуры стоял генерал-прокурор, а в Сенате его оком являлся обер-прокурор. Первым генерал-прокурором Петр I назначил П. И. Ягужинского. Тогда же при Сенате появилась и должность генерал-рекетмейстера, которому подавались жалобы на чиновников.
В принципе за Сенатом закрепили право издания государственных законов, почему он именовался Правительствующим Сенатом. Он также рассматривал и одобрял указы императора. Но при этом Сенат находился в подчинении императору. К концу царствования Петра I Сенат практически потерял свое значение. Большинство вопросов император решал лично.
После смерти Петра функции Сената фактически стал исполнять Верховный тайный совет. П. И. Ягужинского, не являвшегося сторонником «верховников», отправили резидентом в Польшу, а на его место назначили не пользовавшегося влиянием Ф. М. Воейкова. В 1727 г. упразднили должность генерал-рекетмейстера, а вскоре исчезли и фискалы.