При Екатерине I Сенат опять становится высшим учреждением страны. В 1763 г. императрица разделила его на шесть департаментов: I — ведал внутренними делами; II и VI — ведали судебными делами; III — ведал делами губерний, находящихся на особом положении (Малороссией, Лифляндией, Эстляндией, Выборгской губернией, Нарвой); IV — ведал делами морскими и военными; V — ведал административными делами. При этом V и VI департаменты находились в Москве. При каждом из них имелся свой обер-прокурор, а все вопросы решались в соответствующих департаментах, но на условиях единогласия. Если единогласия не было, то решение вопроса выносилось на общее собрание Сената. Однако Сенату больше не принадлежала инициатива в принятии новых законопроектов. Он теперь отвечал в основном за судопроизводство и занимался административной деятельностью. Все важные вопросы внешней и внутренней политики решали лично императрица или ее доверенные лица.
Определенное повышение статуса Сената как высшего учреждения империи осуществил Александр I. Согласно указу от 1805 г., учреждались министерства, а министры обязывались представлять в Сенат ежегодные отчеты для доклада государю. Он стал фактически высшим судебным органом, осуществлявшим надзор за деятельностью государственных чиновников и учреждений. Однако при Александре Павловиче и позднее в состав Сената входили далеко не первые сановники. Это не позволило поднять его роль в управлении государством на желаемую высоту. Иногда назначение в сенаторы служило даже своеобразным почетным отстранением от государственных дел.
Наряду с важными государственными проектами Сенат часто рассматривал и вполне рутинные вопросы. Правда, и рядовые, казалось бы, дела иной раз вызывали большой резонанс в обществе. Так, например, в 1856 г. в Сенате рассматривался вопрос о порядке совершения записей при увольнении помещиков крепостных крестьян в звание государственных крестьян. Результаты рассмотрения были изданы отдельной брошюрой, поступившей в продажу в лавку при сенатской типографии.
Но в народе прошел слух, что это царский указ о крестьянской вольности, который скрывается помещиками. Один из жителей города, полковник Г. Д. Щипачев, вспоминал, что на Сенатской площади в то время постоянно собиралась огромная толпа народа. Она сдерживалась полицией, а в лавку городовые пропускали по одному человеку. В мелочных лавках копеечную брошюру с текстом сенатского решения перепродавали за два-три рубля серебром. Многие дворовые люди объявляли своим господам, что они теперь вольные. Дело дошло до того, что министр юстиции Панин распорядился, чтобы в дальнейшем никакие указы без особого разрешения не продавали. Уже изданный и проданный текст указа о порядке записей в деревнях стали отбирать, а крестьян, у которых его находили, арестовывать. Всего в Санкт-Петербурге полиция задержала по обвинению в беспорядках и подвергла телесным наказаниям около 150 человек.
В ноябре 1917 г., после Октябрьского переворота, специальным Декретом о суде № 1 большевики распустили Сенат. Правда, его деятельность в годы Гражданской войны еще осуществлялась в восточных и южных областях России.
Святейший Синод создан Петром в качестве замены отмененного им института патриаршества. Вместо относительно самостоятельного и не всегда согласного с царем патриарха император создал специальную организацию для управления церковными делами, полностью встроенную в механизм светской государственной власти и подчиняющуюся самодержцу.
После того как в 1700 г. скончался всероссийский патриарх Адриан, его место осталось вакантным. Местоблюстителем был митрополит Стефан (Яворский). Император более 20 лет не допускал созыва Собора и избрания нового патриарха.
На попытку духовенства избрать после смерти патриарха Адриана нового главу церкви, Петр грохнул по столу кулаком и крикнул: «Вот вам патриарх!» (по другой версии — воткнул в столешницу кортик). Вместо избрания патриарха в феврале 1721 г. учрежден Святейший Синод (Духовная коллегия) в составе 11 человек, являвшийся государственным органом управления церковью (церковным министерством). Упразднение патриаршества и учреждение Синода утверждалось специально написанным Феофаном Прокоповичем «Духовным регламентом». Обер-прокурор (президент) Синода митрополит Стефан считался местоблюстителем патриаршего престола, подчинялся царю и играл в жизни государства и церкви второстепенную роль.
Синод открылся 14 февраля в доме графа Брюса на Городском острове (Петроградской стороне). При этом событии присутствовал сам Петр I. Несколько позже Синод перевели в специально купленный у князя Гагарина дом, который находился неподалеку, а в 1744 г. — в здание Двенадцати коллегий на Васильевском острове.