О. А. Фирсова в своем интервью журналисту В. Желтову вспоминала («На вершинах непокоренного города». Газета «Смена» за 02.12.2004 г.): «Однажды, когда я работала под адмиралтейским корабликом, в город прорвался самолет-разведчик. Зенитчики, вероятно, приняли его за свой. Он сделал круг на большой высоте — облетел Исаакий, пролетел над Невским проспектом. Обнаглев, пошел на второй круг — чуть ли не на уровне крыш. Увидев мою одинокую фигуру на шпиле, летчик дал по мне очередь из пулемета. Пули пробили кровлю, маскировочный чехол. А ведь было достаточно перебить веревку, и доска-„душегубка“, на которой я сидела, сорвалась бы вниз… Не понимаю, как летчик мог не попасть в меня с такого близкого расстояния. Я же хорошо видела его. Моя память навсегда сфотографировала очки, закрывавшие пол-лица!».
Чехол для шпиля весил около 500 кг, и его сделали по чертежу, а на кораблик просто накинули огромный мешок и утянули его веревками. Работа для сильных здоровых мужчин, а команда ленинградских альпинистов состояла наполовину из молодых девушек, и все ее члены были сильно истощены голодом. Фирсова весила, например, всего 39 кг. Тем не менее с их участием был покрашен шпиль Петропавловского собора, купола Никольского Морского собора и др. В 1942 г. от голода сначала умерла А. И. Пригожева, а затем А. Земба.
Благодаря проведенному комплексу маскировочных мероприятий у немецких артиллеристов не стало хорошо видимых ориентиров для прицельной стрельбы. Это позволило сохранить многие архитектурные памятники города. А уже во время снятия блокады Ленинграда, в январе 1944 г., было захвачено немецкое дальнобойное орудие. У него имелась специальная бирка с установками прицела для стрельбы именно по Адмиралтейству.
В конце апреля 1945 г. со шпиля Адмиралтейства сняли закрывавший его маскировочный чехол. И снова в этих работах принимала участие О. А. Фирсова, Т. Визель и М. И. Шестаков. День был солнечный, а на Дворцовой площади проводилась последняя тренировка перед майским парадом. Когда со шпиля соскользнул закрывавший его чехол, а на солнце блеснул венчающий его золотой кораблик, с площади раздалось громовое «Ура!».
Во время блокады здание Адмиралтейства не пустовало. В нем действовали мастерские, изготавливавшие боеприпасы и военное снаряжение. Тут же располагалась типография Военмориздата, печатавшая многотиражку «Дзержинец», листовки и брошюры. Энергоснабжение осуществлялось от силовых установок, пришвартованных у набережной кораблей.
В ходе немецких бомбежек и артобстрелов города в здание попало 18 фугасных бомб и 58 снарядов. Пять бомбежек и 12 артиллерийских обстрелов было нацелено именно на здание Адмиралтейства. Первые бомбы разорвались 18 сентября 1941 г., разрушен северо-западный угол парапета центральной башни, уничтожено 4 медные статуи и сильно повреждено еще 16, искалечен горельеф «Заведение флота в России», в зале Адмиралтейского совета обрушилась штукатурка с росписью Д. Скотти и т. д. Стены здания были пробиты в девяти местах. В шестнадцати местах были разрушены крыша и стропила. Количество более мелких пробоин крыши просто не поддавалось подсчету. Шпиль, к счастью, устоял.
Реставрационно-восстановительные и ремонтные работы начались еще во время блокады города. Последствия обстрелов и бомбежек, по мере возможности, старались ликвидировать незамедлительно. Руководил этими работами главный архитектор Адмиралтейства В. И. Пилявский. Еле стоявший на опухших от голода ногах 60-летний скульптор Я. А. Троупянский реставрировал поврежденные барельефы и горельеф И. И. Теребенева на аттике главной башни. Художник В. С. Щербаков снял кальку с сохранившейся части росписи плафона в зале Адмиралтейского совета. Пробоины в крыше заделывались железом, толем и суриком.
27 января 1944 г. около здания Адмиралтейства были выстроены в ряд артиллерийские орудия. Вечером из них дан салют в честь полного снятия блокады Ленинграда. А в июле того же года в Адмиралтейство вернулось из эвакуации Высшее военно-морское инженерное училище имени Ф. Э. Дзержинского. Сначала оно находилось в Горьковской (Нижегородской) области, в поселке городского типа Правдинске (ныне — Правдинский микрорайон города Балахны). А в феврале 1942 г. его перебазировали в город Баку.
Сразу после окончания войны начались полномасштабные реставрационные работы. Восстанавливалось как скульптурное убранство здания, так и его интерьеры. В этих работах, продолжавшихся вплоть до 1952 г., участвовали скульпторы Я. А. Троупянский, В. Ф. Богатырева, В. Н. Риттер, Н. Н. Саватеева и другие.