Зал Адмиралтейского совета (Зал чрезвычайных собраний) в плане почти квадратный, двухсветный. С северной стороны в стене имеется ниша, перекрытая коробовым сводом. Свод опирается на колонны коринфского ордера. Еще с трех сторон стены зала украшают широкие пилястры, обрамляющие неглубокие аркады. Над аркадами антаблемент коринфского ордера, фриз которого с барельефным орнаментом из военных доспехов и гирлянд. В простенках между окнами второго яруса в технике гризайль написаны фигуры атлантов.
В центральной части плафона в зале Адмиралтейского совета располагается круг диаметром 8 м, изображающий небо. Вокруг него орнамент из водяных растений, дельфинов и голов морских обитателей по греческой мифологии. В углах изображение Нептуна на колеснице, запряженной четверкой лошадей, а по краям — полулежащие фигуры среди атрибутов морского флота.
Еще раз реставрационные работы внутри здания и, частично, снаружи проводились также в 1997–1998 гг., обновили лепнину, окраску стен и т. д.
Мало кто знает, что на территории Адмиралтейства имелся действующий атомный реактор. Он использовался в учебных целях для обучения курсантов Военно-морского инженерного училища работе с ядерной энергетической установкой подводной лодки. После аварии на четвертом энергоблоке Чернобыльской атомной станции, произошедшей в апреле 1986 г., адмиралтейский реактор был заглушен и из него выгрузили ядерное топливо.
Уже после распада СССР стали возникать различные проекты использования здания Адмиралтейства. В 2006 г., например, В. И. Матвиенко выступила с идеей отдать бывшую Фондовую биржу на Стрелке Васильевского острова под биржу нефтяную, а располагавшийся в ее помещениях Военно-морской музей предлагали перевести в Адмиралтейство.
11 апреля 2007 г. вновь пошли часы на башне Адмиралтейства. Их механизм, изготовленный немецкой фирмой «Фридрих Винтер», повредили во время реставрации купола в 1986–1987 гг. Запустили механизм в 11 часов 45 минут, во время так называемого «адмиральского часа». С тех пор вновь над городом стал раздаваться звон адмиралтейского часового колокола, на котором старославянским шрифтом написано: «Вылит при Санкт-Петербурхе в Главной артиллерии. Предназначался не только для оповещения времени, но и для повесток на работу и шабаша».
В 2009 г. здание Адмиралтейства покинули штаб Краснознаменной Ленинградской военно-морской базы и Высшее военно-морское инженерное училище. Впрочем, с августа 1998 г., после объединения с Военно-морским училищем в городе Пушкин (постановление правительства РФ № 1009), оно уже именовалось Военно-морским инженерным институтом (ВМИИ). Руководство училища, а затем института, кстати, неоднократно позволяло в 1990-е гг. проводить в бывшем помещении Адмиралтейского собора молебны и панихиды. Спустя еще несколько лет, летом 2012 г., ВМИИ объединили с Военно-морским институтом радиоэлектроники имени А. С. Попова, создав на их базе Военно-морскую академию имени Н. Г. Кузнецова.
Всего в училище за 200 лет его существования было подготовлено более 25 тысяч офицеров и унтер-офицеров для российского флота. 77 выпусков пришлось на советский период. Среди его выпускников — 11 академиков и членов-корреспондентов РАН, 140 лауреатов Ленинской и Государственной премий, более 1300 докторов и кандидатов наук, более 260 генералов и адмиралов, 12 Героев Советского Союза и 8 Героев Социалистического Труда. Целому ряду выпускников училища посвящены установленные в здании Адмиралтейства памятные доски.
Еще в 2007 г. прозвучали первые предложения перевести в Петербург Главный штаб ВМФ. И вот 31 октября 2012 г. этот переезд состоялся, и над зданием Адмиралтейства вновь был поднят Андреевский флаг.
По количеству памятных досок, укрепленных на стенах здания, Адмиралтейство вполне может поспорить со знаменитым домом академиков (дом № 1 на набережной Лейтенанта Шмидта). На доме академиков насчитывается 29 мемориальных досок, а снаружи и внутри здания Адмиралтейства — 20 памятных досок.
Большинство из них посвящено выпускникам и преподавателям Инженерного училища.
Первая доска появилась до 1917 г. Она выполнена из мрамора, фиксирует уровень подъема воды во время наводнения 1824 г. и расположена под аркой Главной башни. На доске высечена черта, отмечающая высоту подъема воды, и следующий текст: «Самое большое возвышение воды над ординарною 11 фут 10 1/2 дюйм в 2 часа пополудни 7-го ноября 1824 года при жестоком ветре от W-S-W».
Также до 1917 г. со стороны Адмиралтейского проезда установлена мраморная доска, сообщающая, что здание построено в 1811 г. по проекту А. Захарова.
Следующая памятная доска появилась в 1960-е гг. Она была выполнена в мраморе, находится в здании Адмиралтейства и посвящена Высшему военно-морскому училищу: