На новом месте службы Шонин снова трезво оценивает свой уровень подготовки и вновь приходит к выводу: его знаний для качественной работы не хватает. Нужно учиться.
25 марта 1988 года генерал-лейтенант Георгий Шонин окончил трехмесячные Высшие академические курсы при Военной академии Генерального штаба Вооруженных Сил СССР имени К.Е. Ворошилова.
Работа и служба, семья и друзья, радости и горести. Обычная круговерть жизни… В должности начальника военного института Георгий Степанович прослужил два года.
Он не замыкается в себе и по-прежнему активно участвует в общественной жизни, общается с художниками, писателями, поэтами. Эти дружеские отношения иногда находят довольно неожиданное воплощение в литературных произведениях. Так, в 1989 году в издательстве «Московский рабочий» выходит книга Виктора Бокова, в которой есть такие строки:
«Жители иных планет,
Существа неведомо далекие,
Много ль вас? Иль вовсе нет?
Вы — как мы? Иль вы — четвероногие?
Посигнальте! Дайте ноту «ля»,
Для настройки служит хорошо она.
Может быть, услышит вас Земля
И тотчас пошлет за вами Шонина?»
В конце 1989 года Георгий Степанович Шонин избирается первым президентом созданной Федерации воздухоплавания СССР.
Но, увы, годы берут свое. 3 ноября 1990 года Георгий Степанович Шонин был уволен из рядов Советской Армии в запас по возрасту. В институте он сдает дела своему преемнику – тоже известному советскому космонавту, дважды Герою Советского Союза, кандидату военных наук, профессору, генерал-майору Владимиру Васильевичу Коваленку.
При увольнении из вооруженных сил Георгию Степановичу Шонину объявлена благодарность и вручена Благодарственная грамота. А 30 декабря 1990 года генерал-лейтенант Шонин награждается орденом Октябрьской Революции.
Военный пенсионер… А ему всего лишь пятьдесят пять. Хочется жить и активно работать, помогать взрослеющим детям и растить внуков.
Дети… Он всегда любил детей, всегда старался им помочь. У Нины неважно со здоровьем. Олечка уже совсем взрослая. Подрастает Антейка. Старший сын, Андрей, тоже решил посвятить свою жизнь небу - окончил Кировоградскую летную академию гражданской авиации и летает на пассажирских лайнерах. Но в семье Шониных есть и потери: 6 января 1993 года умирает мать Георгия Степановича, Софья Владимировна.