Тем временем Екатерина продолжала совершенствовать аппарат управления. Она обращалась с придворными и чиновниками примерно так же, как со своими сторонниками до переворота — очень мало кому из них позволялось видеть всю картину; каждый воображал, что пользуется более полным доверием императрицы, чем было на самом деле.
Какое-то время Россия жила в мире. Новая императрица немедленно отменила и намечающуюся войну с Данией, и союз, который Петр заключил с Пруссией, уверив при этом пруссаков, что она не имеет намерений воевать с ними. Ее мирная политика проводилась с целью снять напряжение внутри страны и ослабить финансовую нагрузку, налагаемую вооруженным конфликтом.
В качестве первого шага для смягчения осложненных отношений между церковью и государством Екатерина отменила Экономическую коллегию (государственный институт, ответственный за управление церковной собственностью) и назначила комиссию (что всегда полезно, дабы выиграть время) для проверки трудного вопроса секуляризации церковной и монастырской собственности. Затем, 27 ноября, она восстановила Коллегию под другим именем — как часть общей реформы, чтобы определить бюджеты и штаты всех духовных институтов. Многие духовные лица ворчали по поводу того, что сочли еще одним шагом к секуляризации — но не проявили активного протеста.
В декабре Екатерина издала секретные приказы, согласно которым пытки стали применять очень редко, чтобы не страдали невиновные, и в том же месяце она отправила генерал-квартирмейстера князя Александра Вяземского в Казань с манифестом, призывающим к повиновению бунтующих крестьян, приписанных к фабричным работам на Урале. Вяземскому были также даны полномочия разобраться в жалобах бунтовщиков — но только после того, как добьется от них покорности.