Видя себя революционным агентом, выступающим от имени международного дела свободы, Жене воспринял восторженный прием, оказанный ему в Америке, как разрешение пропагандировать Французскую революцию всеми возможными способами; более того, поначалу Джефферсон, похоже, поощрял Жене в его амбициозных планах собрать армию на американской земле, чтобы напасть на испанские владения на Западе и во Флориде. Когда Мишо изменил свои планы, чтобы встретиться с Кларком и кентуккийскими солдатами, Джефферсон более или менее поддержал его, но сообщил Жене, что Мишо должен путешествовать как частное лицо, а не как французский консул, как хотел Жене. Государственный секретарь предупредил Жене, что если Мишо и кентуккийских солдат поймают за тем, что они взяли в руки оружие против дружественной страны, то их могут повесить. "Если не принимать во внимание эту статью", - беспечно сказал он Жене, - "ему все равно, какой мятеж может вспыхнуть в Луизиане".33
Генет встречался с некоторыми из зарождающихся демократическо-республиканских обществ и, по слухам, был назначен президентом одного из них. В то же время нахальный молодой министр начал набирать американских моряков, вводить в строй и вооружать американские корабли в качестве каперов и учреждать призовые суды в американских портах - и все это к все большему неудобству государственного секретаря Джефферсона. Генет даже оснастил захваченный в американском порту британский корабль "Маленькая Сара" и, сознательно игнорируя просьбу Вашингтона, отправил его в море в качестве французского капера - "Петит Демократ". Французский министр пригрозил, что в случае протеста правительства обратится непосредственно к народу.34
Игнорировать указания Вашингтона не позволять захваченному кораблю отплыть - это одно, а предположить, что он может обратиться к американскому народу через голову президента, - совсем другое. Когда Вашингтон узнал о действиях и планах Генета, он пришел в ярость. "Неужели министр Французской республики может безнаказанно нарушать акты этого правительства, а затем угрожать исполнительной власти обращением к народу?" - с изумлением спросил президент. "Что должен думать мир о таком поведении и о правительстве Соединенных Штатов, которое подчиняется ему?"35
В итоге Генет сам себя подвел. Федералисты, выступавшие против Французской революции, во главе с Гамильтоном, Джоном Джеем и Руфусом Кингом, воспользовались дипломатическими промахами французского министра как для того, чтобы заручиться поддержкой политики нейтралитета правительства, так и для того, чтобы дискредитировать и ослабить республиканскую оппозицию. Распространяя слухи о действиях Жене, федералисты возбудили общественное мнение и сумели превратить дипломатический инцидент в крупную общественную полемику. На собраниях в Нью-Йорке, Нью-Джерси, Делавэре, Мэриленде и Вирджинии федералисты выступили с резолюциями, осуждающими Генета и защищающими президента.
Все эти попытки федералистов ослабить симпатии общества к Французской революции встревожили лидеров республиканцев. Такие усилия казались еще одним доказательством гамильтоновского марша к монархизму. Мэдисон считал, что федералисты пытаются использовать "общественное почитание президента" для разжигания "вражды между Америкой и Францией", чтобы расторгнуть "их политический и торговый союз". За этим, по мнению Мэдисона, последует "соединение" с Великобританией, и "под ее эгидой" Соединенные Штаты будут двигаться "в постепенном приближении к ее форме правления".36
В ответ на эти опасения республиканцы начали организовывать собственные партийные собрания. На некоторых из своих праздников республиканцы даже поднимали тосты за радикальных якобинцев, захвативших власть во Франции , и демонстрировали модели гильотины, которую якобинцы использовали для уничтожения своих врагов; действительно, в Париже она в среднем отрубала более двух голов в минуту. Перед лицом всех этих революционных кровопролитий Джефферсон оставался сторонником французского революционного дела, полагая, что только оно удерживает Америку от свершения собственной революции.
Будучи членом правительства, которое подрывал французский министр, Джефферсон оказывался во все более неловком положении. Он все время пытался провести красивые различия между тем, что он государственный секретарь и в то же время закулисный лидер республиканской оппозиции. Когда Жене сообщил ему о планах вооружить канадцев и кентуккийцев для экспедиций против британских и испанских территорий в Новом Свете, он признался в своем дневнике, что Жене "сообщил мне об этом не как государственный секретарь, а как мистер Джефф".37 Когда нужно было, Джефферсон умел разделить волосы.