Ненависть Джефферсона к духовенству и организованной религии не знала границ. Он считал, что представители "священничества" всегда находятся в союзе с деспотами против свободы. "Для этого, - говорил он, разумеется, приватно, а не публично, - они извратили самую чистую религию, когда-либо проповеданную человеку, превратив ее в тайну и жаргон, непонятные всему человечеству и потому являющиеся более надежным двигателем для их целей". Троица была не чем иным, как "абракадаброй" и "фокусом-покусом". ...настолько непостижимая для человеческого разума, что ни один честный человек не может сказать, что имеет о ней хоть какое-то представление". Высмеивание, по его словам, было единственным оружием, которое можно было использовать против нее.3
Большинство главных основателей, похоже, были заинтересованы главным образом в обуздании религиозных страстей и продвижении свободы. Они приложили к своим революционным конституциям штатов 1776 года звонкие декларации о свободе вероисповедания, как, например, конституция Вирджинии, гласившая, что "все люди имеют равное право на свободное исповедание религии в соответствии с велениями совести". И они использовали эту просвещенную веру в свободу совести, чтобы оправдать повсеместное упразднение англиканской церкви.
Самая продолжительная и ожесточенная борьба за ликвидацию церкви велась в Виргинии. Хотя конституция Вирджинии 1776 года гарантировала "свободное исповедание религии", а законодательное собрание штата приостановило взимание религиозных налогов, англиканская церковь в 1776 году фактически не была упразднена. Многие лидеры Вирджинии, такие как Патрик Генри, были готовы согласиться на некое подобие множественных установлений, но другие, во главе с Джефферсоном и Мэдисоном, хотели покончить с любой формой государственной поддержки религии. Они хотели выйти за рамки призыва Джона Локка к религиозной терпимости; им нужна была религиозная свобода, а это совсем другое дело. В результате законодательное собрание штата зашло в тупик почти на десять лет. В конце концов, тупик был преодолен в 1786 году принятием знаменитого Статута о религиозной свободе Джефферсона, который упразднил англиканский истеблишмент в Вирджинии.
Поскольку многие основатели придерживались либеральных и просвещенных убеждений, политика в эпоху революции, как правило, преобладала над религиозными вопросами. Во время революции в прессе стали преобладать политические, а не религиозные труды, а духовенство потеряло часть своего возвышенного статуса в пользу юристов. Революция разрушила церкви, прервала обучение священнослужителей и политизировала политическое мышление людей. Старые церкви оказались не в состоянии справиться с быстро растущим и мобильным населением. Доля выпускников колледжей, принимавших участие в служении, упала, а число прихожан резко сократилось. По оценкам, едва ли один из двадцати американцев был официальным членом церкви.4 Все это привело к тому, что не один историк пришел к выводу, что "в своей основе Революция была глубоко светским событием".55
Многие религиозные лидеры сами искренне одобряли эту предположительно светскую революцию и ее либеральные импульсы. Большинство протестантских групп не могли представить себе большей угрозы для религии, чем Англиканская церковь, и поэтому просвещенным рационалистам не составило труда мобилизовать протестантских диссентеров против устоявшейся Англиканской церкви. Немногие священнослужители почувствовали какую-либо опасность для религии в многочисленных декларациях о свободе вероисповедания и деструктуризации Англиканской церкви, которые имели место в большинстве штатов к югу от Новой Англии. Даже в Массачусетсе и Коннектикуте, где религиозные учреждения существовали, но были пуританскими, а не англиканскими, конгрегациональные и пресвитерианские священнослужители ссылались на просвещенную религиозную свободу против темных сил-близнецов британской гражданской и церковной тирании, не боясь нарушить свои собственные особые союзы между церковью и государством. Исходя из всего этого просвещенного и либерального мышления, создатели Конституции 1787 года, естественно, запретили религиозные тесты для получения любой должности или общественного доверия в Соединенных Штатах.
В то же время влияние просвещенного либерализма подтачивало основы кальвинизма, да и всех ортодоксальных христианских верований. Просвещение говорило людям, что они не грешны, а от природы добры, обладают врожденным нравственным чувством, и что зло кроется в порочных институтах церкви и государства. Рациональный деизм Просвещения не ограничивался гостиными утонченного дворянства, а выплескивался на улицы. Антирелигиозные труды Итана Аллена, Томаса Пейна, графа де Вольнея и Элиху Палмера обратились к новой популярной аудитории и дали многим простым людям понять, что разум и природа так же важны (и загадочны), как откровение и сверхъестественное. По крайней мере, на какое-то время Просвещение, казалось, подавило религиозные страсти американского народа.6