На протяжении 1780-х годов Джефферсон занимал жесткую позицию в отношении Барбарийских государств. Он считал, что они настолько погрязли в исламском фатализме и тирании Османской империи, что их отсталые и ленивые общества не поддаются реформам. Он пришел к выводу, что военная сила может быть единственным способом справиться с этими мусульманскими пиратами. Предложите им торговые договоры на основе равенства и взаимности, сказал он, а если они откажутся и потребуют дань, тогда "идите на них войной".36 Джон Адамс не согласился. Он считал, что дешевле будет платить дань этим североафриканским государствам, чем вступать с ними в войну. "За годовой процент в 30 000 фунтов стерлингов, а возможно, и за 15 000 или 10 000 мы можем иметь мир, в то время как война будет топить нас ежегодно в десять раз больше". Джефферсон привел в ответ свои собственные расходы и расчеты, включая создание "флота из 150 пушек, половина из которых должна находиться в постоянном плавании", и все это указывало на преимущества войны вместо выплаты дани.37 Пока эти два министра, один в Париже, другой в Лондоне, вели дебаты о том, как лучше поступить с Барбарийскими государствами в 1780-х годах, они пришли к пониманию того, что правительство Конфедерации не в состоянии ни вступить в войну, ни платить дань.
Хотя Соединенные Штаты ратифицировали либеральный торговый договор с Марокко в 1787 году, Республика, даже в соответствии с новой федеральной конституцией, не могла так легко договориться с Алжиром. В 1793 году, прежде чем администрация Вашингтона смогла выровнять свою политику в отношении североафриканских государств и заключить с ними договоры, Алжир захватил еще одиннадцать американских кораблей и 105 моряков, которые были обращены в рабство вместе с ранее захваченными моряками. Эти захваты, наконец, побудили Конгресс к действию. В 1794 году он выделил один миллион долларов на заключение мира и выкуп американских пленников, а также еще один миллион на строительство военно-морских сил из шести фрегатов, положив начало созданию военно-морского флота США в соответствии с Конституцией.
Растущий раскол между федералистами и республиканцами в Конгрессе осложнял ситуацию. Не будучи больше частью администрации, Джефферсон придерживался несколько иной точки зрения на применение силы. На самом деле, Джефферсон всегда выступал за применение военной мощи в любых обстоятельствах. Иногда сила была оправдана, но никогда, если она приводила к расширению исполнительной власти и принесению в жертву республиканских ценностей. Он и другие республиканцы рассматривали военные действия федералистов против Алжира как уловку, направленную на усиление президентской власти за счет свободы. Конгрессмен Уильям Бранч Джайлс из Вирджинии присоединился к ряду других республиканцев, заявив, что военно-морские силы - это "очень глупая вещь", которая может привести только к большим налогам и раздутому офисному правительству европейского типа. Лучше, чем строить фрегаты за чудовищные деньги, Соединенным Штатам следует забыть о Средиземноморье и защищать американское побережье с помощью относительно недорогих канонерских лодок.38
Однако федералисты контролировали Конгресс и продолжали переговоры и строительство шести фрегатов, некоторые из которых в итоге были использованы против французов в квазивойне. В 1795 году Соединенные Штаты согласились на унизительный договор с Алжиром, который обошелся в миллион долларов в виде дани и выкупа - сумма, равная 16 процентам федеральных доходов за год. Правительство понимало, что фрегаты не будут готовы в течение нескольких лет и что страна получит больше выгоды от торговли в Средиземноморье, чем стоил мирный договор. Как только договор был ратифицирован в 1796 году, Конгресс, уверенный в том, что захватов американских кораблей больше не будет, сократил количество военных кораблей до трех. Правительство начало переговоры с Тунисом и Триполи, которые начали захватывать американские торговые суда. К концу десятилетия Соединенные Штаты заключили договоры со всеми барбарийскими государствами, но расходы были непомерно высоки - 1,25 миллиона долларов, что составляло более 20 процентов годового бюджета федерального правительства.39
К сожалению, Барбарийские государства рассматривали договоры лишь как средство получения новых дани и подарков, и угрозы и требования новых денег, а также унижения продолжались. Триполи почувствовал, что с ним не обращаются наравне с Алжиром, и в начале марта 1801 года объявил войну Соединенным Штатам и начал захватывать американские торговые суда.