Президент Джефферсон пришел к власти несколькими неделями позже, очевидно, решив изменить американскую политику. "Ничто не остановит вечный рост спроса со стороны этих пиратов, - сказал он государственному секретарю Мэдисону в 1801 году, - кроме присутствия вооруженных сил, и будет экономичнее и почетнее сразу же использовать те же средства для подавления их дерзостей".40 Однако строгое толкование Джефферсоном Конституции привело к тому, что не захотел вступать в наступательные действия против пиратов без официального объявления войны Конгрессом.
Федералисты, возглавляемые Гамильтоном в прессе, воспользовались этим нежеланием и заставили республиканский Конгресс в 1802 году предоставить президенту полномочия использовать все необходимые средства для победы над триполитанскими пиратами. Но американская блокада Триполи оказалась неэффективной, главным образом потому, что фрегаты не могли маневрировать на мелководье триполитанской гавани. В то же время министр финансов Галлатин и республиканцы в Конгрессе были обеспокоены ростом расходов на содержание военно-морских сил в Средиземноморье. Они опасались возможности "увеличения налогов, вторжения правительства, соблазна наступательных войн и т. д." больше, чем барбарийских пиратов.41
Тем не менее, администрация была полна решимости действовать, пусть даже с минимальными затратами средств и с тем, что президент Джефферсон назвал "наименьшими силами, компетентными" для выполнения миссии.42 В 1803 году она назначила нового опытного командующего Средиземноморской эскадрой, коммодора Эдварда Пребла, и отправила в Средиземное море несколько небольших канонерских лодок. Прежде чем Пребл успел развернуть свои новые силы, фрегат USS Philadelphia с командой из трехсот человек под командованием двадцатидевятилетнего Уильяма Бейнбриджа был случайно выброшен на берег в гавани Триполи и был вынужден сдаться под натиском триполитанских канонерских лодок. Паша Триполи Юсеф Караманли установил свое первоначальное требование о выкупе только что захваченных американских рабов в размере 1 690 000 долларов, что превышало весь военный бюджет Соединенных Штатов.43
Военно-морские офицеры Соединенных Штатов были полны решимости что-то предпринять. 16 февраля 1804 года двадцатипятилетний лейтенант Стивен Декатур и его команда из семидесяти человек вошли в гавань Триполи под покровом темноты на замаскированном судне с намерением сжечь "Филадельфию" и тем самым предотвратить ее использование в качестве триполитанского рейдера. Поскольку американский корабль находился в глубине гавани Триполи, в окружении дюжины других вооруженных судов и под мощными батареями крепости, это была опасная, даже безрассудная миссия; но она прекрасно удалась, без единой потери американца. Эта акция, которую лорд Нельсон назвал "самым смелым и дерзким поступком эпохи", мгновенно сделала Декатура знаменитостью и вдохновила на необычайные вспышки американского патриотизма. В возрасте двадцати пяти лет Декатур стал самым молодым человеком, получившим звание капитана в военно-морской истории США.44
Ободренный этим успехом, Джефферсон отправил в Средиземное море еще более крупную эскадру под командованием старшего Пребла, Сэмюэла Баррона, с целью наказать Триполи. Экспедиция должна была быть оплачена специальным налогом на купцов, торгующих в Средиземноморье, что, по мнению федералистов, было нечестной схемой, чтобы заставить купцов Новой Англии заплатить за покупку Луизианы. По совету Уильяма Итона, бывшего армейского капитана и бывшего консула в Тунисе, правительство Соединенных Штатов разрешило заключить непрочный союз со старшим братом паши Триполи, Хаметом Караманли, который надеялся вернуть себе трон, отнятый у него младшим братом Юсефом. По словам одного историка, это была "первая тайная операция правительства США за рубежом".45
В 1805 году, пока военно-морская эскадра осаждала Триполи, Итон, имевший неоднозначный статус военно-морского агента, и брат паши Хамет отправились на запад из Египта за пятьсот миль через Ливийскую пустыню с разношерстным отрядом из пятисот греческих, албанских и арабских наемников и горстки морских пехотинцев. Их целью было соединиться с капитаном Айзеком Халлом и тремя американскими крейсерами в Дерне, стратегически важном триполитанском порту к востоку от Триполи. После успешной бомбардировки морские пехотинцы Итона и Халла взяли форт в Дерне. (Эта акция впоследствии послужила вдохновением для припева гимна морской пехоты США "К берегам Триполи"). Однако прежде чем Итон смог двинуть свои силы на Триполи, он узнал, что в июне 1805 года Тобиас Лир, генеральный консул в Алжире, подписал мирный и торговый договор с Триполи, положив конец необъявленной войне.