Однако прежде чем Джефферсон попытается применить это мощное оружие против бывшей материнской страны, ему необходимо решить давнюю проблему с барбарийскими пиратами.31 В сознании Джефферсона эта проблема была связана с основной проблемой самой Англии, и эта связь заставляла его гораздо охотнее прибегать к военной силе в борьбе с Барбарийскими государствами, чем это могло бы быть в противном случае.
На самом деле, когда речь шла о продвижении американских интересов, Джефферсон был готов отбросить свои самые глубокие предрассудки. Летом 1805 года он даже рассматривал возможность заключения союза с Великобританией, чтобы показать Франции и Испании (последняя объявила войну Великобритании в декабре 1804 года), что Соединенными Штатами нельзя помыкать, особенно в вопросе о расширении американских границ Луизианы. Маловероятно, что он зашел бы так далеко. А вот с Барбарийскими государствами дело обстояло иначе. Поскольку ни он, ни Мэдисон не хотели, чтобы европейские государства воспользовались "предполагаемым отвращением этой страны к войне", лидеры республиканцев, конечно же, не собирались позволять "мелким" тиранам Северной Африки выйти сухими из воды.32
К концу XVIII века Барбарийские государства Северной Африки - Марокко, Алжир, Тунис и Триполи - утратили былую мощь в средиземноморском мире. Они больше не представляли угрозы для великих держав - Великобритании и Франции, которые просто откупались от них ежегодной данью и использовали их, чтобы избавить Средиземноморье от более мелких соперничающих торговых народов, таких как датчане или итальянские города-государства. Эти более мелкие народы, не имевшие мощного флота или ресурсов, чтобы откупаться от североафриканских пиратов, были уязвимы для захвата своих кораблей и моряков и поэтому старались оставить основную часть средиземноморской торговли великим державам. В таком уязвимом положении оказались и новые независимые Соединенные Штаты.
Пока американские торговые суда оставались колонистами Великобритании, они находились под защитой британского флага. Но с обретением независимости торговые суда Америки стали легкой добычей для этих барбарийских пиратов, или каперов, - именно такой правовой статус большинство европейцев придавали мусульманским налетчикам. (Частники получали комиссионные от своих правительств и, предположительно, нападали только на суда, принадлежащие государствам, против которых их правительства объявили войну). Британское правительство было в восторге от того, что коммерческая конкуренция со стороны Соединенных Штатов будет пресечена. "Маловероятно, что американские штаты будут вести очень свободную торговлю в Средиземном море", - заявил лорд Шеффилд в 1784 году от имени британского министерства; "ни одна из великих морских держав не будет заинтересована в том, чтобы защищать их там от Барбарийских штатов".33
В 1784 году Марокко захватило американский корабль, но не поработило его моряков; вместо этого в 1786 году оно подписало мирный договор с Соединенными Штатами, который существует до сих пор, что делает его самым долгосрочным договором в истории американской дипломатии.34 В 1785 году Алжир, подстрекаемый Великобританией, захватил два американских корабля и обратил их экипажи в рабство. Не имея никаких ресурсов, финансовых или иных, для нанесения ответного удара, Конгресс Конфедерации оставался беспомощным, возмущенный тем, что, как сообщала одна из американских газет, "британский двор потворствует этим варварам в их набегах на нашу торговлю ". Американцы были убеждены, что британское правительство преследует конечную цель сделать британские корабли "перевозчиками всего имущества, импортируемого и экспортируемого между Британией и Америкой".35 Это унижение от рук пиратов-мусульман не только способствовало желанию американцев создать в 1787 году гораздо более сильное национальное правительство, но и усилило гнев, который многие американцы испытывали по отношению к бывшей материнской стране.