В условиях обострения международной обстановки мало кто из республиканцев хотел открытой войны, но в то же время они стремились сделать что-то, чтобы справиться с враждебностью монархического Старого Света по отношению к нейтральной Американской республике. Республиканцы все больше беспокоились, что не только национальная независимость Америки была поставлена на карту, но и их республиканское стремление к всеобщему миру и отвращение к ужасам и расходам войны создавали ложное впечатление у европейских держав - впечатление, как выразился Джефферсон, что "наше правительство полностью придерживается квакерских принципов и подставит левую щеку, когда ударят по правой". Это впечатление, сказал он в 1806 году, "должно быть исправлено, когда появится подходящий случай, иначе мы станем грабителями всех народов".73
После того как Акт о запрете импорта 1806 года вступил в силу после длительной задержки, 18 декабря 1807 года президент объявил о новой политике, которая в итоге стала расширенной версией экономического возмездия - возможно, за исключением запрета, это самый большой пример в истории Америки, когда идеология была использована для решения вопросов государственной политики.
В своем кратком послании Конгрессу Джефферсон рекомендовал ввести эмбарго, чтобы защитить "основные ресурсы" "наших товаров, наших судов и наших моряков", которым угрожала "большая и растущая опасность... в открытом море и в других местах со стороны воюющих держав Европы".74 Хотя Джефферсон не до конца объяснил Конгрессу, почему эмбарго было необходимо, Конгресс начал действовать немедленно и за четыре дня в конце декабря 1807 года принял Закон об эмбарго, который запрещал выход всех американских кораблей в международную торговлю. Хотя закон не запрещал иностранным кораблям, в том числе британским, привозить импорт в Америку, он запрещал этим иностранным кораблям принимать американский экспорт, вынуждая их отплывать в балласте.
Это был очень странный поступок, такой же самопротиворечивый, как и сама Республиканская партия. Хотя в американских рассуждениях об уязвимости Великобритании перед экономическими санкциями всегда подчеркивалась необходимость британцев продавать свои промышленные предметы роскоши за границу, эмбарго фактически лишило британцев американского экспорта, что было гораздо менее вредно для британской экономики, чем потеря рынков для их промышленных товаров. Конечно, эмбарго сопровождалось реализацией давно приостановленного Акта о запрете импорта, но этот акт ограничивал только некоторые виды британского импорта, а не весь; под запрет попали такие товары, как ямайский ром, грубая шерсть, соль и бирмингемская фурнитура.75 На протяжении всего срока действия эмбарго американцы продолжали импортировать множество британских товаров, что составило по меньшей мере половину от того объема, который они импортировали в 1807 году, до того как республиканцы применили Закон о запрете импорта. Хотя республиканцы так и не объяснили до конца, почему Америка продолжала импортировать британские товары (причем на британских кораблях), Галлатин и другие, очевидно, считали, что федеральное правительство настолько зависело от таможенных пошлин на импорт, что прекращение всего импорта привело бы к его банкротству.
Запрет на доступ американских кораблей и товаров ко всей заморской торговле был радикальным шагом, но любопытно, что ни Джефферсон, ни республиканцы в Конгрессе не приложили особых усилий, чтобы оправдать его перед страной. Эта экстраординарная мера прошла через Конгресс быстро и без особых дебатов. Как сказал Джефферсон, выбор был ограничен: либо "война, либо эмбарго, либо ничего", а война и ничего - не совсем приемлемые альтернативы.76 Конечно, республиканские сторонники законопроекта, зная, что у них есть голоса, не прилагали особых усилий для защиты эмбарго; вместо этого они продолжали ставить вопрос. В итоге в Палате представителей проголосовали восемьдесят два против сорока четырех. По словам Джефферсона, половина оппозиции состояла из федералистов, другая половина - из последователей эксцентричного Джона Рэндольфа, который считал, что эмбарго было продиктовано Наполеоном и направлено только против Великобритании, и из "республиканцев, которые придерживались ошибочных взглядов на этот вопрос".77