Несмотря на то, что американцам удалось удержать форт Мак-Генри, что вынудило британцев отступить из Чесапика, теперь они столкнулись с рядом кризисов. Обвиненный в поджоге столицы, Джон Армстронг подал в отставку с поста военного министра и был заменен Джеймсом Монро, который также продолжал оставаться государственным секретарем. Правительство испытывало трудности с набором войск и удержанием набранных. Более 12 процентов американских солдат дезертировали во время войны, почти половина из них - в 1814 году. Оплатить войну становилось практически невозможно. Попытки правительства занять деньги терпели неудачу, поскольку потенциальные кредиторы отказывались покупать американские облигации, тем более что федералисты продолжали препятствовать кредитованию правительства. Летом 1814 года многие из разросшихся банков штатов были вынуждены приостановить выплаты специями за огромное количество бумажных банкнот, которые они пустили в оборот после гибели Банка Соединенных Штатов в 1811 году. Без национального банка правительство не могло переводить средства по стране и оплачивать растущие счета. Осенью 1814 года министр финансов Джордж У. Кэмпбелл заявил, что правительству нужно 50 миллионов долларов, но он не знал, как их собрать. В октябре он подал в отставку с поста министра финансов, а в ноябре правительство объявило дефолт по государственному долгу. По всем признакам и целям государственный кредит был аннулирован, а правительство Соединенных Штатов - банкротом.
На смену Кэмпбеллу пришел Александр Даллас, умеренный республиканец из Пенсильвании. Даллас ошеломил своих коллег-республиканцев рекомендациями по введению новых внутренних налогов и созданию национального банка, который представлял собой расширенную версию банка, от которого республиканцы совсем недавно отказались. Хотя Конгресс неохотно согласился с новыми налогами, включая акциз на виски, более тяжелый, чем тот, который спровоцировал восстание виски в 1794 году, он отклонил предложение Далласа о банке, по крайней мере, на данный момент. Президент Мэдисон, отказавшись от своего прежнего строгого конструкционистского мнения 1791 года о том, что национальный банк неконституционен, теперь выступал за создание такого банка по образцу Банка Англии.
Еще более серьезной проблемой для республиканцев стало противодействие федералистов войне - противодействие настолько сильное, что оно, возможно, сделало войну самой непопулярной в американской истории. Федералисты повсюду, но особенно в Новой Англии, где они были наиболее сильны, непрерывно и страстно выступали против конфликта, настолько засоряя "колеса войны", по словам Мэдисона, что ее цель была подорвана, а враг был поощрен "к удержанию любых мирных достижений, которые в противном случае могли бы быть сделаны".68 Федералисты считали, что это была исключительно партизанская борьба, которая могла способствовать только Франции и Виргинской династии, и к ним присоединился Постоянный орден конгрегационного и пресвитерианского духовенства, который тайно, а иногда открыто молился за победу Англии над Францией и Америкой.69 Самое важное, что многие федералисты не только устно и письменно выражали свое несогласие с войной, но и совершали поступки, которые сегодня, вероятно, были бы расценены как подстрекательство, если не как государственная измена. Ревностные федералисты "Голубого огонька", названные так потому, что, как считалось, они предупреждали британские военные корабли об американских плаваниях миганием синих огней, препятствовали призыву в армию, мешали подписке на военные займы, призывали к удержанию федеральных налогов и замышляли выход из состава Союза. Они покупали облигации британского правительства со скидкой и отправляли специи в Канаду для оплаты контрабандных товаров. Губернаторы-федералисты в Новой Англии даже отказались выполнять требования военного министерства о создании ополчения в своих штатах. Губернатор Массачусетса фактически вступил в тайные переговоры с британцами, предложив часть штата Мэн в обмен на прекращение войны.70 Хотя президент осудил это неповиновение федералистов как угрожающее основам Союза, он благоразумно не стал поднимать этот вопрос. Он был очень уверен в себе, так как вежливо и спокойно сказал взбешенному Мэтью Кэри, предсказывавшему "кровавую гражданскую войну", которая "сокрушит республиканизм на века", что "нечестивый проект разрушения Союза штатов терпит поражение". Эта глубокая и спокойная уверенность в поддержке Союза большинством населения и в конечном успехе Соединенных Штатов в войне была секретом президентского лидерства Мэдисона.71