После обнародования в январе 1977 года Учредительного заявления «Хартии-77» потерял работу. В мае под давлением госбезопасности уехал в Австрию. За границей участвовал в социологических и политологических проектах, преподавал в Бременском университете, с 1982 года работал в Институте международной политики при МИДе Австрии. В 1985 году стал профессором политологии в Инсбрукском университете. Регулярно печатался в австрийской прессе и чешских эмигрантских изданиях, прежде всего в журнале социалистической направленности *«Листы»
. В последние дни 1989 года вернулся в Прагу, однако не приобрел влияния в *Гражданском форуме. Многократно с социалистических позиций критиковал политические изменения, произошедшие после 1989 года. В июне 1995 года стал почетным председателем партии «Левый блок». Осенью того же года Управление документации и расследования преступлений коммунизма, во главе которого тогда стоял Вацлав Бенда, обвинило Млынаржа в «государственной измене» за участие в переговорах в Кремле в 1968 году; однако обвинение вскоре было аннулировано.Умер в Вене от рака легких.
Его сын Владимир (р. 1966) принимал активное участие в диссидентском движении. В 1999–2001 годах был вице-председателем Унии свободы.
По обе стороны Спасских ворот. [Интервью] // Континент. 1977. № 14.
Перед лицом московского трибунала // ПВЕ. 1981. № 1.
Польские перспективы // ПВЕ. 1981. № 1.
Возможные последствия «нормализации» в Польше // ПВЕ. 1982. № 3/4.
О факторах, обусловливающих кризисы систем советского типа в 80‐е годы // ПВЕ. 1983. № 7/8.
Воскрешение политики и умерщвление идеологии // ПВЕ. 1986. № 15/16.
Проблемы, обусловленные политической системой СССР, и возможности политической реформы // ПВЕ. 1988. № 21/22.
Правовое государство и советская система // ПВЕ. 1989. № 25/26.
Мороз ударил из Кремля. М.: Республика, 1992; То же на чеш.: Mráz přichází z Kremlu. Köln, 1978.
Z dějin západoevropských politických ideologií. Praha, 1961.
Československý pokus o reformu 1968: Analýza jeho teorie a praxe. Köln, 1975.
Krize v sovětských systémech. 1953–1981: Příspěvek k teoretické analýze. Köln, 1983.
Problemy politického systému: Texty o roce 1968, normalizaci a současné reformě v SSSR. Köln, [1987].
Can Gorbachev Change the Soviet Union? The International Dimensions of Political Reform. Boulder, 1990.
Krize v sovětských systémech od Stalina ke Gorbačovovi: Příspěvek k teoretické analýze. Praha, 1991.
Socialistou na volné noze. Praha, 1992.
K pojeti demokracie po reálném socialismu: Srovnávaci studie o Polsku, ČSFR a Madarsku roku 1992 // Politologická Revue. 1994. № 10.
Reformátoři nebývají štastni: Dialog o «perestrojce», Pražském jaru a socialismu. Praha, 1995.
Brežněvův klobouk a Šimonova hlava // Listy. 1996. № 6.
Proti srsti: politické komentáře, 1990–1995. Praha, 1996.
Conversations with Gorbachev: On Perestroika, the Prague Spring, and the Crossroads of Socialism. New York, 2002.
Артамонова Н. С точки зрения правящих. [Рец. на: Mráz přichází z Kremlu] // Континент. 1979. № 22.
Зденек Млынарж. Б. м., б. г. URL: https://peoplelife.ru/194197 (дата обращения 28.10.2018).
Skilling H. G. Czechoslovakia’s interrupted revolution. Princeton, 1976.
Brokl L. Prof. Dr. Zdeněk Mlynář, CSc. (1930–1997). Mlynářův tým a jeho místo v české politické vědě // Politologická revue. 1997. Č. 1.
Perzi N. Die sozialistische Opposition in der ČSSR vom Prager Frühling bis zur Charta 77 // Reflexionen über das Jahr 1968. Ústí nad Labem, 1999.
Kaplan K. Kořeny československé reformy 1968. Brno, 2000.
Vondrová J., Navrátil J. Komunistická strana Československa. Konsolidace. Květen – srpen 1968. Brno, 2000.
Pauer J. Praha 1968. Vpád Varšavské smlouvy. Pozadí – plánování – provedení. Praha, 2004.
Bischo F. The Prague Spring and the Warsaw Pact invasion of Czechoslovakia in 1968. Lanham, 2009.
Vondrová J. Reforma? Revoluce? Pražské jaro 1968 a Praha. Praha, 2013.
Catalano A. Zdeněk Mlynář a hledání socialistické opozice: od aktivní politiky přes disent k ediční činnosti v exilu // Soudobé dějiny. Č. 3. 2013.
Hoppe J., Škodová M., Suk J., Caccamo F. O nový československý model socialismu: Čtyři interdisciplinární vědecké týmy při ČSAV a UK v 60. letech. Praha, 2015.
Suk J. Veřejné záchodky ze zlata: Konflikt mezi komunistickým utopismem a ekonomickou racionalitou v předsrpnovém Československu. Praha, 2016.
Caccamo F. La Cecoslovacchia al tempo del socialismo reale: regime, dissenso, esilio. Roma, 2017.
Hrubý K. Přerod komunistické víry mladých intelektuálů. Mlynář, Kosík, Kalivoda, Klíma, Kundera, Kohout, Vaculík // Dějiny – teorie – kritika. Č. 2. 2017.
Blažek P., Schovánek R. Prvních 100 dnů Charty 77. Průvodce historickými událostmi od vzniku Prohlášení Charty 77 po pohřeb Jana Patočky. Praha, 2018.