С февраля 1990 года по сентябрь 1992 года исполнял обязанности генерального директора Чехословацкого агентства печати (ЧТК), потом до 1994 года работал там редактором. В том же году назначен главным редактором ежеквартального журнала *«Листы»
, где проработал до 1996 года; с 1993 года сотрудничает с газетой «Право». В 1991–2000 годах был одним из пяти членов рабочей группы Комиссии ООН по правам человека, занимающейся вопросом незаконных арестов. В 1993 году в знак протеста против распада чехословацкой федерации принял словацкое гражданство, что означало одновременную потерю чешского гражданства, которое ему вернул лишь Верховный суд.В сентябре 1998 года назначен уполномоченным по правам человека, также был председателем комитета Совета министров по национальным вопросам и председателем межведомственной комиссии по делам цыган. Подал в отставку с постов в правительстве в январе 2001 года, когда его жена была назначена заместителем уполномоченного по правам человека.
В августе 2000 года награжден офицерским крестом польского ордена «За заслуги» за выдающиеся заслуги и вклад в чешско-польский диалог.
С 2002 года возглавляет Комитет против пыток и других жестоких или унизительных наказаний – совещательный орган при правительственном Совете по правам человека. В 2002–2007 годах был членом Партии зеленых, в 2006 году безуспешно баллотировался в Сейм по ее списку. В 2001–2007 годах член совета Чешского телевидения.
Кавалер ордена Почетного легиона (2006).
Статья Петра Ула в «Информационном бюллетене чехословацко-польской солидарности» о целях и задачах издания //
Le socialisme emprisonné. Une alternative socialiste à la normalisation. Paris, 1980.
Solidarität mit der Charta 77. Frankfurt am Main, 1980.
Program společenské samosprávy. Köln, 1982.
O československém vězeňství: Sborník Charty 77 / sest. J. Gruntorád, P. Uhl. Praha, 1987. (Самиздат); Praha, 1990; То же на нем.: Der CSSR-Gulag: ein Bericht der Charta 77. Frankfurt am Main, 1988.
Alternativní společenství jako revoluční avantgarda //
Vzpomínka na Jířího Hájka //
Právo a nespravedlnost očima Petra Uhla. Praha, 1998.
Charta 77 / S Petrem Uhlem o tom, jak vznikla a zda měla smysl // Právo. 2002. № 2.
«Im Gefängnis hat man mir angeboten, das Land zu verlassen». [Интервьюер K. Kloss] // CafeBabel.com. 20.06.2008. URL: https://cafebabel.com/fr/article/petr-uhl-plutot-le-printemps-tchecoslovaque-5ae006c4f723b35a145e11c4/ (дата обращения 06.11.2018); То же на англ., фр. // Там же.
Dělal jsem, co jsem považoval za správné. Praha, 2013. (Соавт. Z. Pavelka).
Barelli Y. La Révolution de velours en Tchécoslovaquie. Marseille, 1990.
Charta 77. Zda být, či nebýt, a když být, tak jak? / sest. J. Vančura // Listy. 1992. № 2.
Informace o Chartě 77, 1978–1990: Článková bibliografie / Sest. J. Gruntorád. Brno, 1998.
Pečínka P. Pod rudou vlajkou proti KSČ – osudy radikální levice v Československu. Brno, 1999.
Hnutí revoluční mládeže, 1968–1970: Edice dokumentů / sest. J. Pažout. Praha, 2004.
Odpověd na nesvobodu / sest. F. Horáček, L. Rychetský // A2. 2007. № 1.
Prečan V., Císařovaská B. Charta 77: Dokumenty 1977–1989. Praha, 2007.
Blažek P., Pažout J. Nejcitlivější místo režimu: Výbor na obranu nespravedlivě stíhaných (VONS) pohledem svých členů. Diskusní setkání 19. října 2007. Praha, 2008.
Müllerová A., Hanzel V. a kol. Albertov 16:00: Příběhy sametové revoluce. Praha, 2009.
Blažek P., Bursík T. Pražský proces 1979. Vyšetřování, soud a věznění členů Výboru na obranu nespravedlivě stíhaných: Dokumenty. Praha, 2010.
Vilímek T. Solidarita napříč hranicemi: Opozice v ČSSR a NDR po roce 1968. Praha, 2010.
Otáhal M. Opoziční proudy v české společnosti 1969–1989. Praha, 2011.
Pažout J. a kol. Výbor na obranu nespravedlivě stíhaných 1978–1989: Edice dokumentů. Praha, 2014.
Bolton J. Světy disentu. Charta 77. Plastic People of the Universe a česká kultura za komunismu. Praha, 2015.
Kamiński Ł., Blažek P., Majewski G. Hranicím navzdory. Příběh Polsko-československé solidarity. Praha, 2018.
Blažek P., Schovánek R. Prvních 100 dnů Charty 77. Průvodce historickými událostmi od vzniku Prohlášení Charty 77 po pohřeb Jana Patočky. Praha, 2018.