В 1984 году, после почти десятилетнего отпуска на воспитание детей, вышла на работу: сначала истопником в гостинице, позже мойщицей лабораторной посуды.
В 1986 году вместе с Мартином Палоушем и Яном Штерном Шабатова стала спикером «Хартии-77». Исполняла эти обязанности до начала 1987 года, когда вошла в организацию *«Польско-чехословацкая солидарность»
, а через год вместе с Петром Поспихалом и Яном Чарногурским приняла на себя обязанности представителя этой организации.В 1988 году вместе с Поспихалом, Улем и Яном Урбаном основала *Восточноевропейское информационное агентство
(ВИА), в задачи которого входила помощь в установлении контактов и обмене информацией между демократической оппозицией в странах Центральной и Восточной Европы, а также издание информационного бюллетеня для национальных и зарубежных СМИ.В том же году начала учиться в «летучем университете», а с 1990 года – на философском факультете Карлова университета; в 1996 году защитила диплом по чешской филологии.
За годы работы в «Хартии-77» и Комитете защиты беззаконно преследуемых Шабатова стала одной из самых уважаемых фигур чехословацкого правозащитного движения. Будучи членом ВОНСа, она часто приходила на суды над диссидентами, сама неоднократно подвергалась допросам и арестам. В ноябре 1989 года занималась информационным обслуживанием *«бархатной революции»
; в ее квартире находилось бюро ВИА.В 1990 году стала советником министра труда и социальных вопросов по сотрудничеству с неправительственными организациями. В 1992–1997 годах работала редактором, с 1998 года – в пражском городском Центре социальных служб и профилактики; в 1999–2000 годах была внештатным советником министра труда и социальных вопросов.
С 1994 года Шабатова работает в Движении гражданской солидарности и толерантности. С 1996 года была членом (а в 1998 году вице-председателем) Чешского Хельсинкского комитета; отказалась участвовать в работе комитета в 1999 году после начала налетов авиации НАТО на Югославию, однако позднее вернулась и в 2008–2013 годах возглавляла его. В 2001–2007 годах была заместителем уполномоченного по правам человека Чехии.
В 2008 году защитила диссертацию в Университете им. Масарика в Брно по теории права. В том же году безуспешно баллотировалась в Сенат по списку Партии зеленых. В 2008–2011 годах член Европейского комитета по предупреждению пыток при Совете Европы. В 2008–2014 годах преподавала в Карловом университете.
В 2014 году была избрана уполномоченным по правам человека в Чешской Республике на шестилетний срок.
За многолетнюю правозащитную деятельность получила в 1998 году награду ООН, присужденную к 50-летию принятия Всеобщей декларации прав человека. Награждена польским орденом «За заслуги» (2011) и французским орденом Почетного легиона (2018).
Kantůrková E. Sešly jsme se v této knize. Köln, 1980; Praha, 1991.
Ještě jednou o «kamionu». Je snadné říci «fízl» // Literární noviny. 2001. № 23.
Bytová revolta: Jak ženy dělaly disent / sest. M. Linková, N. Straková. Praha, 2017.
Po Chartě končí i VONS / sest. M. Elšíková // Respekt. 1993. № 9.
Výbor na obranu nespravedlivě stíhaných / sest. P. Sustrova // Revolver Revue. 1997. № 33.
Uhl P. Právo a nespravedlnost očima Petra Uhla. Praha, 1998.
Blažek P. a kol. Opozice a odpor proti komunistickému režimu v Československu 1968–1989. Praha, 2005.
Prečan V., Císařovská B. Charta 77: Dokumenty 1977–1989. Praha, 2007.
Blažek P., Pažout J. Nejcitlivější místo režimu: Výbor na obranu nespravedlivě stíhaných (VONS) pohledem svých členů. Diskusní setkání 19. října 2007. Praha, 2008.
Blažek P., Bursík T. Pražský proces 1979. Vyšetřování, soud a věznění členů Výboru na obranu nespravedlivě stíhaných: Dokumenty. Praha, 2010.
Vilímek T. Solidarita napříč hranicemi: Opozice v ČSSR a NDR po roce 1968. Praha, 2010.
Otáhal M. Opoziční proudy v české společnosti 1969–1989. Praha, 2011.
Blažek P., Pažout J. a kol. Dominový efekt: opoziční hnutí v zemích střední Evropy a pád komunistických režimů v roce 1989. Praha, 2013.
Uhl P., Pavelka Z. Dělal jsem, co jsem považoval za správné. Praha, 2013.
Pažout J. a kol. Výbor na obranu nespravedlivě stíhaných 1978–1989: Edice dokumentů. Praha, 2014.
Bolton J. Světy disentu. Charta 77. Plastic People of the Universe a česká kultura za komunismu. Praha, 2015.
Kamiński Ł., Blažek P., Majewski G. Hranicím navzdory. Příběh Polsko-československé solidarity. Praha, 2018.
Югославия