Основное решение курфюрста было о создании постоянно действующей армии. Все его политические, социальные и экономические нововведения отталкивались от роли армии в создании единой страны. На протяжении Тридцатилетней войны Фредерик подготовил 8 тысяч опытных отрядов, небольших по общепринятым стандартам, но достаточных для того, чтобы изгнать захватчиков с его земель и дать ему голос на совете в Вестфалии. В 1648 г. Великий курфюрст внезапно получил самую обширную территорию: Восточную Померанию и несколько епископств, включая Магдебург. Чем дальше — тем лучше.
Фактически несколько провинций Бранденбурга, Пруссии и Клеве-Марке желали, чтобы армия была распущена с окончанием войны, но Фредерик-Вильгельм только усиливал ее, пока в 1688 г. у него не стало 30 тысяч профессиональных отрядов. Кто платил за эту армию? Курфюрст знал, что он не мог позволить своим солдатам жить за счет страны по подобию наемников Валленштейна. Не мог он и оплачивать ее самостоятельно, хотя земли производили достаточно, чтобы покрыть затраты правительства. Субсидии других стран могли бы помочь, однако деньги прошли бы сквозь налоги, которые многие земли отказались платить. В 1653 г. курфюрст достиг компромисса с провинциями Бранденбурга, где он дал особые экономические и социальные привилегии юнкерам в обмен на обязательный налог, за счет которого и будет собираться армия. Курфюрст объявил, что только юнкера имеют право владеть землей, только они могут свободно выслать крестьян (которые были все обязаны служить) со своих земель, к тому же юнкера были освобождены от налогов. С другой стороны, он несколько сократил политические привилегии юнкеров в Бранденбурге. Когда сроки действия налога на армию закончились, он сохранил право собирать его и вскоре ввел аналогичный налог в городах без согласия провинций.
Курфюрст обложил население страны тяжелыми налогами на армию, посылая солдат собирать деньги силой. В Пруссии сопротивление было сильнее. Чтобы сломить сопротивление провинций и заставить их платить налоги, Фредерик-Вильгельм заточил в тюрьму двух лидеров оппозиции и казнил одного из них. Он поставил свои войска в Кенигсберге еще до того, как налоги были собраны.
Подданные Фредерика-Вильгельма платили в два раза больше налогов на душу населения, чем подданные Людовика XIV; в стране с небольшими богатствами и единственным богатым классом — юнкерами, — освобожденным от налогов, бремя содержания армии было действительно непосильным. Как бы то ни было, военные решения курфюрста вскоре принесли свои плоды. Для сбора армейских налогов Фредерик создал новый бюрократический институт — военный комиссариат, который также платил за армию и вскоре поглотил все сферы экономики страны. Работники комиссариата, подданные курфюрста, упорно работали над развитием новой промышленности, поддерживающей страну, особенно военной. Свыше 20 тысяч работников текстильной промышленности, по преимуществу кальвинисты, переехали в Бранденбург из Франции и Пфальца, чтобы работать на огромной фабрике, выпускающей униформу. К концу века земли Гогенцоллернов постепенно восстановились от потерь Тридцатилетней войны, а уровень населения вырос до уровня начала XVII в. и достиг 1,5 миллиона человек.
Армия курфюрста не могла в одночасье превратить Бранденбург-Пруссию в сильную державу. Фредерик-Вильгельм половину своего правления находился на войне. Он сражался за свои идеалы и менял сторону, даже если ему казалось, что именно сейчас он был близок к победе. Так, в 1650 г. он впервые присоединился к Швеции против Польши, а потом к Польше против Швеции. В 1670-х и 1680-х гг. он превзошел себя, перебегая между Голландией и Францией три раза. Все эти решения принесли Фредерику одно приобретение после 1648 г. — 50 километров узкой полоски Померании. Но Фредерик-Вильгельм сильно укрепил общество Северной Германии. Армия давала ему и его наследникам абсолютный политический контроль. Это способствовало распространению атмосферы дисциплины и почитания. Это помогало объединению страны. Крестьяне из всех имений Гогенцоллернов были разбиты на классы, в то время как аристократия служила в офицерском корпусе, что спровоцировало рост бюрократии и дало возможность Фредерику извлечь выгоду из создания жесткой социальной структуры. Для амбициозных эсквайров-юнкеров офицерское звание стало главным доказательством принадлежности к высшему классу. Вся политика курфюрста строилась на партнерстве и доверии по отношению к землевладельцам. Что же касается слуг, то в 1684 г. один священник писал: «Крестьяне тоже люди», а далее советовал запугивать и избивать их «до состояния вяленой рыбы», которая «тем лучше на вкус, чем она лучше отбита».