На соборном суждении великий князь приговорил их к «градские казни», велев «бить по торгу кнутом». Гридю Борисоглебского собор оправдал: никаких доказательств его вины опричь показаний попа Наума представлено не было. Собственно о еретичестве на соборе не говорилось: новгородцев судили за конкретный проступок. Летописцы сообщают о происшедшем предельно лаконично: «Тое же зимы биша попов новугородцких по торгу кнутьем. Присла их бо из Новгорода владыка Генадеи, что пьяни поругалисы святым иконам, и посла их опять ко владыце».
Осужденные должны были вернуться в Новгород и принести покаяние, в противном случае их следовало передать новгородским наместникам для новой «градской казни». В Кремле явно полагали инцидент исчерпанным. Иначе думал Геннадий, который воспользовался пунктом соборного приговора, позволявшим ему продолжить расследование в случае запирательства виновных, чтобы учинить куда более серьезный розыск, как отзывается сам первогонитель вольнодумцев, «накрепко». В послании Геннадия бывшему архиепископу Ростовскому Иосафу в феврале 1489 года снова в качестве информатора фигурирует поп Наум, снова речь идет о запирательстве еретиков, которых было бы невозможно разоблачить, «аще бы князь великый не приказал своим бояром со мною, своим богомольцем, того обыскати».
Великий князь, повторим, никого «обыскивать» не велел, и тем более не ожидал, что новое следствие принесет сенсационные результаты. Теперь уже в число обвиняемых попали не провинциальные попы-бражники, а высшие чиновники государства в лице Федора Курицына, более того, по убеждению Геннадия, именно дьяк оказался главным зачинщиком ереси. «А то се, господине, състала та беда с тех мест, как Курицин из Угорские земли приехал, да отселе еретицы сбежали на Москву, а писано в подлиннике, что протопоп Алексей, да Истома, да Сверчек, да поп Денис приходили к Курицину, да иные еретицы, до он то у них и печалник, а о государской чести попечения не имеет», — докладывает в октябре 1490 года Геннадий новому митрополиту Зосиме.
Сии ошеломляющие сведения новгородское следствие выведало у дьяка Самсонки, который, оказывается, наблюдал за растленными кремлевскими нравами во время своего пребывания в Москве. Сенсационные разоблачения вызвали очевидное недоумение современников: что мог беглый дьяк Самсонка прознать о делах одного из приближенных великого князя, как мог доподлинно ведать, кто и зачем к нему ходил, и более того, судить о том, достаточно ли печется дипломат о «государской чести». Неудивительно, что, по признанию Геннадия, «моему обыску веру не имут».
Архиерей пытался подкрепить выводы следствия следующими доводами: если бы Самсонка к Курицыну не ходил, откуда бы он мог знать, кто у него собирался. «А потому что Курицин началник тем всем злодеем», — добавлял Геннадий. Столь простодушная мотивировка возбуждала еще большие сомнения в объективности новгородского розыска. Если же Курицын оказался «началником» Самсонки, его опекуном, почему не спас бедолагу от наказания. Не добавляло доверия показаниям новгородца и то обстоятельство, что получены они были под пыткой. Геннадий сознавал, как воспримут этот факт его корреспонденты, и оправдывался тем, что Самсонку пытали не его подчиненные, а люди великого князя, а вернее, великокняжеских наместников.
Однако, несмотря на уязвимость своей позиции, новгородский владыка настаивал на самом суровом наказании обвиняемых. «Да тех, кто в подлинникех писаны, тех бы проклятию предати, да и техъ, къ кому они приходили в соглашение, или кто по них поруку держал, или кто у них печалник…», — указывает он митрополиту Зосиме. На роль «печалника», как известно, следователи назначили Курицына, именно его следовало предать проклятию.
В октябре 1490 года должен был состояться новый собор на еретиков. Незадолго до этого митрополитом Московским и Всея Руси вместо умершего Геронтия стал симоновский архимандрит Зосима. Но для Геннадия ничего не переменилось. Новгородского владыку не только не вознаградили за усердие, но запретили въезд в Москву и потребовали исповедания о вере и отчета о связях с Литвой. Не участвовал он и в поставлении нового митрополита, ограничившись тем, что прислал «повольную» грамоту с согласием на избрание Зосимы.
Понимая, что поддержки у митрополита и великого князя ему не найти, Геннадий основные надежды возлагал на епархиальных владык. По мнению А. И. Клибанова, Геннадий в основном ядре участников собора видел своих единомышленников и упорно работал над тем, чтобы сделать из них союзников. И начало заседаний собора, казалось, оправдало его ожидания.
Собор начался с откровенной провокации — владыки решили отслужить молебен за упокой душ «великих князей и великих княгынь» в Архангельском соборе, где покоятся почившие в Бозе Даниловичи. Там владыки, естественно, обнаружили архангельского протоиерея Дениса, «и реша ему от всех епископов слово поносно ркущи ему: «Изыди, человече, изо олтаря, недостоин еси соборне служить с святыми епископы».