Вероятно, недовольство своим положением подвигло Захария Ивановича Кошкина во время междоусобной войны в правление Василия Темного изменить великому князю и бежать в Литву. Это обстоятельство вроде бы и не помешало карьере его сыновей Юрия и Якова Захарьиных, о чем свидетельствует хотя бы то же назначение в Новгород, многие прочие важные поручения Ивана III и наконец боярские звания. Яков Захарьич заседал в думе с 1479 года, Юрий — с 1483-го.
И все-таки положение Ивана Юрьевича Патрикеева, а затем и его сына Василия несравненно выше положения братьев Захарьиных. Князь впервые упоминается как воевода в 1455 году, успешно одолевший татар, переправившихся через Оку у Коломны. Иван Патрикеев занимал выдающееся положение при Иване III, как «наивысший воевода государя нашего». Достаточно сказать, что именно Иван Юрьевич принимал присягу московскому государю новгородцев в 1478 году. Близость Гедиминовичей к государю выражалась еще и в том, что двор Патрикеевых располагался в самой старой части Кремля — у Боровицких ворот. Когда великокняжеские палаты перестраивались, государь жил у Патрикеева.
Захарьины с несомненной ревностью следили за успехами потомка Гедимина и его родичей. Правда, лишь однажды ревность эта вырвалась наружу — во время литовского похода 1500 года великий князь послал на помощь отряду Юрия Захарьина тверскую рать под командованием племянника князя Ивана Юрьевича — Даниила Щени. В объединенном войске Щеню назначили воеводой в большой полк, а Захарьина — в сторожевой. Внук Ивана Кошки оскорбился и бил челом великому князю в том, что ему «невмочно» служить в сторожевом полку и «стеречи князя Данила».
Разразившийся конфликт пришлось разбирать Ивану III, который решительно пресек претензии обиженного боярина. А. А. Зимин замечает в этой связи, что здесь нет местнического дела. Действительно, Юрий Захарьин прекрасно понимал, что не имеет никаких формальных оснований оспаривать назначение Щени, однако раздражение против Патрикеевых было столь велико, что боярин не смог его сдержать, даже предугадывая недовольство великого князя.
Отсутствие возможности оспорить выдвижение служебных князей вынуждало старомосковских бояр искать иные способы изменить сложившееся положение. Появление на московской политической сцене литовских выезжан, спаянных и общей судьбой, и родственными связями, их наступление на позиции нетитулованного боярства заставило последних сплотиться, выступать единым фронтом в защиту своих интересов. Враждебность в отношениях между старомосковскими боярами и служебными князьями была столь очевидна, что Иван Васильевич не только прекрасно знал о ней, но и использовал ее в своих целях, отряжая первых (И. Челяднин, М. Захарьин) в войска следить за вторыми.
Однако недовольство сложившимся положением не ограничивалось местническими претензиями, а побуждало старомосковское боярство искать альтернативу сложившейся политической конфигурации. Такой альтернативой, как мы уже отмечали, представлялась Софья Палеолог, ее сын Василий и люди их окружавшие, в том числе симпатизировавшие удельным властителям в пику великому князю и его соратникам.
На настроения Захарьиных могло отразиться то обстоятельство, что заточенный в Вологде боровский князь Василий, супруга Михаила Верейского Елена, вдовствующая великая княгиня Мария, она же инокиня Марфа, явно сочувствовавшая младшим сыновьям, особенно Андрею Углицкому, — все они были детьми М. Ф. Кошкиной, сестры того самого Ивана Кошки, задвинутого на обочину политической жизни литовскими «выезжанами».
Стоит отметить тесную связь Захарьиных с другим старомосковским кланом Морозовых. Тетка новгородских наместников была замужем за И. Г. Морозовым. Юрий Захарьин был женат на дочери сподвижника Софьи Палеолог И. Б. Тучка-Морозова, попавшего в опалу в 1485 году. Так что связь видного боярина с партией реванша подкреплялась матримониальными узами. Забегая вперед, отметим, что на церковном соборе 1531 года, разбиравшем обвинения против Максима Грека и Василия Патрикеева (в иночестве Вассиана), в качестве одного из главных обвинителей выступал сын Юрия Захарьина Михаил. Примечательно, что он упирал на то, что обвиняемые отступили в «жидовской закон». Помимо М. Ю. Захарьина обвинителями выступали его двоюродный дядя М. Б. Тучков с сыном Василием — семейные сявзи оказались живучими.