Зубатов без Азефа определил, что во главе Боевой Организации стоял Гершуни. Николай II объявил МВД, что озолотит того, кто арестует главного эсеровского боевика. Полицейские генералы приказали Азефу сдать Гершуни, но Азеф сказал, что сначала пусть его озолотят на 50 000 рублей. Департамент полиции хотел присвоить царские деньги себе, а агенту дать в лучшем случае процентов пять от всей суммы. Охранники и провокатор от жадности не договорились и Азеф доложил Гершуни, что за его голову Зимний дворец дает два имения с землей. В марте 1903 года в Москве встретились руководитель Боевой Организации и его помощник и Гершуни назначил Азефа своим преемником, передав ему все связи, пароли, конспиративные квартиры, боевиков и кассу. После московской встречи группа Гершуни выехала в Уфу и в начале мая убила там губернатора Богдановича. Гершуни написал и отправил в Центральный Комитет эсеров отчет о покушении для дальнейшей публикации:
«Просят переиздать. Партия социалистов-революционеров. «В борьбе обретешь ты право свое». Ко всей сознательной и трудовой России.
Свершилось то, что должно было свершиться. По постановлению Боевой Организации Партии социалистов-революционеров 6 мая в городе Уфе убит виновник злодейской расправы над Златоустовскими рабочими уфимский губернатор Н. Богданович. Убит среди бела дня в городском парке, на глазах многочисленной публики девятью пулями революционеров, членов Боевой Организации. Самоотверженно и геройски выполнив принятую на себя святую миссию, сразив палача народа, борцы нанесли царской власти тяжелый удар, вырвались из ее рук и благополучно скрылись. Привет вам, отважные борцы от партии, радостно принимающей вас, ушедших от виселицы, снова в свои ряды. Радость партии разделят все, кому дорого дело русской революции.
6 мая надолго останется памятным уфимцам. В этот день царская власть справляла свой праздник и торжествовала. Ирония судьбы. Минуты счастливого представителя царя уже были сочтены. В четыре часа дня на глазах многочисленной публики к ногам губернатора бросается пакет, а вслед один за другим гремят выстрелы. Губернатор пластом валится на землю. Имея в виду, что были случаи, когда царевы слуги падали не от пронзившей их пули, а от страху, стрелявший направляет последнюю пулю палачу в сердце. Выполнив свое дело, стрелявший член Боевой Организации скрывается. Большинство бывших поблизости бежит в сторону, за скрывшимся бросаются несколько человек, но, очевидно, вид революционера, пригрозившего преследователям кинжалом и револьвером, был достаточно внушительным, и погоня отстала. Замеченный толпой товарищ, воспользовавшись этим моментом, скрылся и как в воду канул. Посланная вслед погоня городовых, солдат и казаков рыскала до вечера, но следы были утеряны.
Силе впечатления на публику способствовало то, что мотивы убийства сейчас же стали известны, и администрации не удалось по-своему осветить злодейский поступок. Брошенный губернатору пакет был тут же на месте кем-то вскрыт, прочитан и стоустая молва содержание его разнесла по всему городу. В пакете был приговор.
Настроение приподнятое. У всех, понимавших и чувствовавших значение Златоустовский злодеяний, вырвался вздох облегчения. «Слава богу, не прошло, значит даром-то», – слышится в самых различных кругах. Растерянность властей такая, что они не решаются пока сообщить об акте в газете. Когда мы пишем эти строки, 6 мая вечером, скрывавшийся находится в безопасном месте, хотя опасность еще не миновала. Уфа город маленький, пути сообщения скверные и выбраться отсюда очень трудно».
Григорий Гершуни благополучно выехал по рекам из Уфы в Саратов, встретился там с Брешковской и дал телеграмму своим в Киев, указав время и место прибытия. Из Киева Гершуни собирался выехать в Европу и собрать там членов Боевой Организации для утверждения плана террористических работ.
В Киеве охранное отделение возглавлял ученик Зубатова ротмистр Спиридович, будущий руководитель личной охраны Николая II. Один из его агентов, студент Розенберг, с агентурным псевдонимом «Конек» сообщил ему, что случайно видел на конспиративной квартире в больнице у Бессарабского рынка телеграмму, в которой говорилось, что на станцию Киев-2 под Киевом 13 мая приедет кто-то очень важный из революционеров. Спиридович проверил все телеграммы, полученные Одессой за последние три дня. В телеграмме на адрес больницы было написано: «Папа приедет завтра. Хочет повидать Федора Дарнициенко». Спиридович собрал всех своих сотрудников и утром 13 мая набил ими всю Дарницу, особенно дачную железнодорожную станцию. Полиция в штатском заполнила Киев-первый, Киев-2 и Боярку. В охранном отделении остался только один дежурный. Фотографию Гершуни получили сотни полицейских и жандармом, но целый день никто на него похожий с поездов под Киевом не сходил. Спиридович, хотевший озолотиться, специально ориентировал весь личный состав охранников на арест именно Гершуни, хотя совсем не был уверен, что приезжает именно он.