В шесть часов вечера на станции Киев– второй лично знавший Гершуни филер опознал его по взгляду. У станции конки «Лебедь» руководителя Боевой Организации взяли сразу пять филеров и сразу забрали его браунинг. В участке Спиридович опознал Гершуни окончательно, который сказал, что жандармам и по тринадцатым числам везет.
Хотя политических преступников до суда не ковали, по приказу из Петербурга Гершуни заковали в кандалы и главный эсеровский боевик их поцеловал. Вечером 14 мая его под сильным офицерским конвоем увезли в столицу империи. Всех киевских охранников наградили деньгами, чинами и орденами, но озолотить, как обещал Николай II, конечно, забыли. Вместо награды Департамент полиции распустил слух, что Гершуни выдал именно студент Розенберг. Сам Гершуни говорил, что не верит этому и его выдал кто-то из Центрального Комитета партии эсеров, но Азефа, до самой своей смерти не подозревал. Сам Азеф, увидевший, какие средства находятся в кассе Боевой Организации, возможно, действительно выдал Гершуни, чтобы занять его место. Вообще, когда Азеф узнавал, что кто-то в среде революционеров работал на охранке, он без колебаний выдавал его товарищам по партии. Конкуренты ему были не нужны. Самому мало.
Григория Гершуни судили в феврале 1904 года. На суде он держался так, что один из великих князей назвал его героем, а один из судей воскликнул: «Вот человек!» На процессе читали устав Боевой Организации, написанный ее первым руководителем: «Боевая Организация, устраняя путем террора представителей существующего строя, совершает не только акт самозащиты, но и действует наступательно, внося страх и дезорганизацию в правящие сферы, и стремится довести правительство до сознания невозможности сохранить далее самодержавный строй».
Гершуни приговорили к виселице, попытались добиться, чтобы он написал прощение о помиловании на высочайшее имя, не дождались и заменили казнь на бессрочную каторгу. Почти два года Гершуни продержали в Петропавловской и Шлиссельбургской крепостях, а затем перевели его в Сибирскую каторжную тюрьму на Акатуе, но он пробыл там меньше года и бежал в ноябре 1906 года через Японию в Америку и Европу.
Сидевший на Акатуе убийца Плеве Егор Сазонов писал оттуда на волю: «мне доставляет гордую радость видеть то уважение, которое окружает нашего дорогого Григория Андреевича. Все, если не видят, то чувствуют цену этого человека. Он как бы растет и развертывается на людях. Здесь он возвышается над ними на целую голову. Для нашего дела непоправимый, страшный убыток, что такая могучая политическая сила скована в данный момент».
Тюремщики на страшном Акатуе не трогали Гершуни и вообще, держались с ним как-то робко, почти как с начальством. Одна из знаменитых эсеровских террористок и будущий руководитель партии Мария Спиридонова писала о первом боевике первой массовой революционной партии:
«Первое впечатление от Григория Андреевича, это присутствие очень большой силы. Удивительны были его глаза, серо-синие, большой красоты и сияния. Глаза говорили с вами, утешали вас, ласкали, гневались. Из них хотелось жадно пить и голубизну, и бездонную, огромную, полную любви и мудрости душу человеческую. На общих собраниях он говорил мягко-убедительно, но голос его все креп и креп, звук рос и расширялся, глаза начинали буквально метать молнии и все взгляды приковывались к нему. Товарищам он стремился передать максимум своих знаний, опыта доброты.
У него были две неудачные попытки к побегу. Он ушел бы из тюрьмы вместе с другими товарищами на метеорологическую станцию за воротами. Там, в пустынном лесу произошла нападение на конвоира, которого бы связали и продержали бы в кустах, пока Григорий Андреевич не уехал бы на заранее приготовленных лошадях. Два разы выходил Григорий Андреевич, два раза товарищи опаздывали к назначенному времени. Григорий Андреевич даже сам искал друзей по лесу, втянув конвойного в интересную болтовню. Больше Григория Андреевич за ворота не пускали в связи с общим изменением режима.
Спокойствие изменяло ему, если он встречался с несправедливостью и с людской злобой. Когда он получил известие о смерти Михаила Рафаиловича Гоца, он плакал. Слишком сильно он ждал встречи со своим больным другом для общей работы. Григорий Андреевич – не современный человек. Он – все. Это – сама живая жизнь. В нем, как и в самой жизни, была способность и к греху. В нем была широта размаха и спокойная, меры себе не знающая, духовная сила. Мудрость его иного замечания, проникновения в душу была поражающей. Чувство долга, чувство правды, взыскующей града, чувство любви, часто контролируемое сознанием, – все в нем поглощалось одним чувством, одним сознанием ежечасного, ежеминутного служения своей идее.