Особой остроты события достигли в 2006 году, когда «оптимизация» вступила в практическую фазу. Русские школы, которые должны были лишиться статуса средних учебных заведений, предприняли отчаянную попытку изменить принятое решение, учитывая при этом ставший достоянием гласности факт кулуарного подписания представителями власти «пилотного проекта». В городе начались открытые акции протеста общественности. Примечательно, что инициаторами защиты русских школ в Литве выступили сами учителя. Была предпринята попытка общественности заставить городской совет вернуться к вопросу оптимизации школ и отменить ранее принятое решение. При содействии некоторых депутатов городского совета вопрос был вновь вынесен на обсуждение. В марте – июне 2006 года предпринимались попытки остановить реорганизацию. Происходили острые дискуссии представителей властей с педагогическими коллективами школ, представителями родителей школьников. При этом представители школьных общин подвергались угрозам и оскорбительным выпадам со стороны представителей властей. В условиях высокой напряженности и нервозности состоялся визит представителей русской общественности – педагогов и родителей школьников – к министру просвещения, который «с удивлением узнал» о методах и особенностях реорганизации русских школ в Клайпеде и выразил недоумение по поводу ее столь поспешных темпов. Были подключены комиссия по этике, петиционная комиссия, комитет по просвещению, которые в ходе дискуссий вынуждены были признать моральную правоту педагогических коллективов, но это не изменило ранее принятого решения. Особо подчеркнем факт, что литовские школы в этих процессах не участвовали, поскольку происходившие процессы реорганизации для них в силу количества и географического положения не были болезненными.
Ситуация достигла кульминации в начале лета 2006 года, поскольку в сентябре новый учебный год школы должны были начинать в новом, измененном и усеченном качестве. Видя, что все предпринятые попытки не увенчались успехом, педагоги и родители учеников двух русских школ Клайпеды в июне 2006 года организовали и провели в центре города, перед зданием городского самоуправления, пикеты. Лица заполнивших улицу протестующих были заклеены черной лентой, символизирующей необходимость молчаливо принимать любые решения властей, в руках протестующие держали плакаты, осуждающие разгром русских школ под видом реформы и «оптимизации» школьной сети. Понимая, что власти проигнорируют подобные акции, учителя клайпедской школы «Паюрис» прибегли к отчаянной акции протеста – голодовке. Ей предшествовали информационная подготовка, когда инициативная группа педагогов направила в Сейм, правительство, президенту Литвы, разослала во все средства массовой информации страны обращения с просьбой о помощи в сохранении структуры русских школ, в которых объяснялись мотивы акции голодного протеста учителей в случае неполучения поддержки. В назначенный день с соблюдением всех необходимых предусмотренных законом формальностей педагоги разбили палаточный лагерь, огородив его плакатами, разъясняющими суть акции, и приступили к голодовке. Во время этой акции в городском совете вновь разгорелись острые дискуссии по поводу реформы русских школ, подстегиваемые запросами депутатов Сейма, чиновников президентуры и правительства. Акция привлекла повышенный интерес СМИ. К голодающим педагогам приезжали депутаты Сейма, чиновники разного ранга, мэр Клайпеды. Однако позиция властей оставалась неизменной. Один из ее представителей заявил, что участники голодовки могут умереть, но решение о реформе русских школ останется неизменным. Голодовка педагогов продолжалась неделю. Вероятно, она длилась бы и дольше, однако учителя, как выяснилось позже, были обмануты некоторыми депутатами Сейма и мэром Клайпеды, обещавшими учесть мнение общественности и пересмотреть решение о реорганизации русских школ.
Чтобы сохранить среднюю школу, родители учеников старших классов и сами школьники на расширенном собрании школьной общины приняли решение, несмотря ни на что, 1 сентября идти в 11 – й класс в свою школу, лишенную права формировать старшие классы. Однако накануне начала учебного года чиновниками городского самоуправления, явившимися в школу якобы с проверкой ее технического состояния, из кабинета заместителя директора школы были похищены заявления учеников с просьбой зачислить их в 11‑й класс, личные дела и другие документы школьников. Педагогам школы пришлось обратиться в полицию. 1 сентября, действительно, все одиннадцатиклассники явились в школу и приступили к занятиям. Несмотря на требования властей «передать» учеников в другие школы, угрозы невыплаты зарплаты, закрытия школы и т. п., занятия продолжались неделю, причем учителя заявили согласие учить старшеклассников бесплатно, если муниципалитет откажется тарифицировать их работу. Только под угрозой, что фамилии одиннадцатиклассников будут стерты из базы данных учеников страны, учителя и родители учащихся вынужденно согласились перейти в другие школы.