Параллельно с уничтожением возможности высшего образования на русском языке власти Литвы осуществляли меры по ликвидации русской школы. В результате система среднего образования на русском языке пережила серьезные потери. За последние 17 лет численность русских школ в Литве сократилась в 2,5 раза: с 85 школ в 1996 году до 33 – в 2013 году. Число учеников, обучающихся на русском языке, за это же время сократилось с 52 000 до 16 000, то есть более чем в три раза! Среди главных причин этого угасания русского образования не только эмиграция русского и русскоязычного населения из Литвы, но, главным образом, проводимая в стране реформа системы просвещения и общая политика государства в области образования, которые, несмотря на декларации и законодательные гарантии, приводят к упадку русских школ. Причем властями следствие зачастую выдается за причину. Так, чиновники от просвещения, как заклинание, повторяют, что резко уменьшается число учеников русских школ, поэтому и вынуждены закрываться школы с русским языком обучения. При всем том, что демографические причины здесь, безусловно, играют роль, и число не только русских, но и литовских школьников в стране действительно сокращается, хитрость заключается в том, что, формируя упадочный образ русской школы, реформаторы просвещения побуждают русские семьи отдавать детей в литовские школы. По результатам исследований, сейчас от 30 до 60 процентов контингента некоторых литовских школ составляют дети из русских или «русскоязычных» семей. Таким образом, уменьшение численности учеников русских школ не причина, а во многом следствие иезуитски проводимой реформы системы образования.
Причины осознанного разрушения системы русского образования в Литве ясны. Русские в школе являются единственным массовым очагом воспроизводства русской общины Литвы, привития подрастающему поколению русской культуры, национальных ценностей, менталитета, мировоззрения. С другой стороны, опыт работы русских школ Литвы свидетельствует, что они занимают достойное место в системе образования Литвы, и их выпускники в достаточной степени владеют полученными знаниями и навыками, а также литовским языком, успешно поступают в ведущие университеты Литвы и столь же успешно реализуются во всех сферах жизни страны. То есть русские школы составляют серьезную конкуренцию литовским школам.
Несмотря на то что процесс выдавливания русского образования в Литве происходил в контексте общей реформы системы образования, порой оказываясь в тени общих реформаторских событий, нет ни малейшего сомнения в том, что это был самостоятельный целенаправленный и осознанный проект властей.
Основные драматические события начались с ломки структуры системы среднего образования. После провозглашения независимости до начала 2000‑х гг. в Литве действовали единые средние, ставшие 12-летними школы, дававшие ученикам законченное среднее образование. В начале 2000‑х гг., в соответствии с разработанной образовательной стратегией, в основу которой отчасти легли реликты межвоенной системы образования в Литве, а отчасти – заимствованный зарубежный, причем не самый оптимальный, опыт, началась реорганизация среднего образования: средние школы было решено заменить основными (1-10‑й классы) школами и гимназиями (9-12‑й классы). Подобная реорганизация, разработанная в недрах Министерства образования и науки Литвы, вызвала серьезную критику со стороны педагогических коллективов, прозорливо предвидевших все негативные последствия подобной реформы. Однако авторов реформы не смутило даже очевидное дублирование 9‑х и 10‑х классов основных школ и гимназий, которое, как мина замедленного действия, чревато было в ближайшем будущем конфликтом в формировании контингента учащихся школ обоих типов.