В первую очередь, в Литве достаточно быстро была ликвидирована возможность получения высшего образования на русском языке, несмотря на то, что во многих вузах Литвы, особенно на технических и педагогических факультетах, существовали прочные традиции высшего образования на русском языке, а само получение на нем образования было в большой степени востребовано. Тем не менее, во второй половине 1990‑х гг. возможность получения образования на русском языке в высших учебных заведениях была ликвидирована полностью. Власти и руководство университетов решили осуществить этот процесс расставания с русским языком в вузах Литвы сразу и быстро. Поэтому уже в первой половине 90‑х годов преподавание на русском языке и существование русских групп было прекращено. Дольше всех продолжали существовать русские группы на педагогических факультетах в Вильнюсе, Клайпеде и Шяуляе. Определялось это большим числом поступавших на эти специальности студентов, а также, видимо, существованием русских школ. Русские группы педагогических факультетов продержались примерно до 1997 года. Но уже и до этого они вызывали у многих политиков и чиновников от просвещения недоброжелательное отношение, почему и были упразднены, а обучение на них быстро было переведено на литовский язык. Те, кто начинал в них учебу на русском языке, заканчивали уже на литовском. Таким образом, прекратилась подготовка на русском языке педагогов для школ с русским языком обучения на педагогических факультетах университетов, несмотря на существование в крупных городах Литвы значительного числа таких школ, требовавших пополнения педагогических кадров. В запале «выкорчевывания» русского языка из системы высшего образования в 2007 году была упразднена старейшая кафедра русской филологии Вильнюсского университета, существовавшая более 200 лет. Закрытие кафедры, которая являлась своеобразным центром русского языка и литературы в Вильнюсском университете, вызвало широкий общественный резонанс. В знак протеста против закрытия кафедры и увольнения ряда преподавателей в отставку подал заведующий кафедрой профессор Е. А. Костин, являвшийся видной фигурой в русской общине Литвы.
Впрочем, потребность в получении высшего образования на родном языке в Литве всегда была велика среди русской молодежи, да и людей более зрелого возраста. Поэтому на образовательный рынок Литвы в середине 90‑х, начале 2000‑х гг. пытались проникнуть и утвердиться некоторые негосударственные высшие учебные заведения, которые вели образовательную деятельность на русском языке. Их было несколько, но лишь две попытки были достаточно серьезны. В 1996 году в Литве появился латвийский Балтийский русский институт (БРИ), который создал первоначально в Клайпеде, а затем в Вильнюсе и позднее в Висагинасе свои представительства. Появление БРИ в Литве вызвало массовый поток желающих учиться в нем. Несмотря на коммерческий характер деятельности своих представительств в Литве, достаточно высокую плату за обучение, сложности в организации учебного процесса, сочетавшего элементы заочного и вечернего образования, БРИ стал популярен и привлек несколько сот студентов. Потребность в получении образования на русском языке была велика, поэтому предложение имело успех. Правда, пресса и официальные структуры всячески пытались подчеркнуть неправомерность деятельности БРИ в Литве. Периодически в литовской прессе публиковались материалы, дискредитирующие институт. Надо отдать должное латвийскому (рижскому) руководству БРИ: оно делало многое и почти невозможное, чтобы занять место в ряду высших учебных заведений Литвы. Руководители БРИ обращались в Министерство просвещения и науки Литвы, предъявляли материалы латвийской аккредитации, приглашали комиссии для проверки деятельности своих образовательных центров. В 2004 году БРИ, сменивший вскоре название и ставший Международной балтийской академией, получил лицензию литовского правительства на право деятельности в Литве. Казалось, цель достигнута! Но сразу же последовало возбужденное некоторыми депутатами Сейма разбирательство, как такое могло случиться. В результате история с выдачей лицензии стоила места министру просвещения и науки Литвы Р. Вайткусу А сама лицензия, прослужив год, была отозвана. Руководители БРИ-МБА подали в суд, но тяжба окончилась поражением вуза. Надо сказать, что при всех трудностях и недостатках организации деятельности БРИ-МБА был бы востребованным образовательным учреждением в Литве, если бы власти не использовали все средства для его ликвидации.