Ломка структуры школ, в первую очередь, больно ударила по русским школам. В отличие от литовских школ она разрушала единую, целостную систему национально-культурного воспитания учащихся, преемственность в образовательном процессе русских школ. Примечательно, что сам по себе болезненный процесс реорганизации начали именно с русских школ. В качестве «подопытного кролика» были избраны русские школы города Клайпеды, более четверти населения которого составляли русские. Надо отметить, что педагоги русских школ и здравомыслящая часть русской общины сразу усмотрели серьезную опасность в проводимой реформе и резко выступили против реорганизации русских школ. Острые дискуссии проходили в совете городского самоуправления, отдельные русские депутаты которого не только жестко критиковали реформу, требовали отложить ее реализацию в отношении русских школ, но и настойчиво препятствовали принятию окончательного решения. В городе ширилось движение педагогов и родителей учащихся русских школ против их реорганизации. В адрес Сейма Литовской Республики, Министерства образования и науки Литвы, городского совета и мэра поступали многочисленные протесты и требования не проводить форсированную реформу русских школ. По инициативе городской Ассоциации учителей русских школ Литвы к обсуждению и критике реформы были подключены средства массовой информации: радио, телевидение, городская и республиканская печать. Временами удавалось на несколько месяцев приостанавливать принятие окончательного решения по реформе русских школ. Активизировалась позиция русской общины, с чем вынуждены были считаться многие политики, позиция которых по поводу принимаемого решения поколебалась. Однако во время решающего голосования с минимальным перевесом в один голос было принято решение об оптимизации сети школ с русским языком обучения.
То, что происходило с русскими школами в Клайпеде в 2002–2006 гг., не было частной проблемой муниципального уровня. Особый иезуитский характер реорганизации школ стал ясен позднее, когда обнаружилось, что Клайпеда – единственный город Литвы, участвующий в «пилотном проекте» реорганизации и оптимизации сети школ. Само же рождение этого «пилотного проекта» таило в себе много неясного и странного. Самого проекта в период обсуждения вопроса «оптимизации» школ города никто не видел. Он был обнаружен при содействии одного из чиновников администрации городского самоуправления, под большим секретом передавшего копию договора министра и мэра города спустя полтора года после принятия решения. Условия этого проекта не видел ни городской совет, ни комитет просвещения, ни тем более общественность. А в нем, кстати, были прописаны немалые суммы в евро, выделявшиеся на проведение реформы, в том числе и шестизначные суммы в качестве премий для чиновников, осуществлявших руководство процессами реформы. Но об этом общественность узнала, когда дело было сделано и изменить ситуацию уже было нельзя. Кроме того, при проведении в Клайпеде реорганизации русских школ делалось многое для того, чтобы искусственно обострить отношения между педагогическими коллективами, вызвать соперничество между школами, посеять зерна раздора. Эти посевы в скором времени также дали свои злые плоды.
Поскольку стратегия проводимой реформы была рассчитана до 2012 года, ситуация с русскими школами, аналогичная клайпедской, впоследствии повторялась и в других городах Литвы.