Боковые нефы, принимающие на себя распор перекрытий в поперечном направлении, составлены каждый из четырех квадратных ячеек, перекрытых куполами на парусах. В юго-западном углу на колоннах-сполиях поднят
Компоновка боковых нефов из четырех ячеек заставила нарушить симметрию при размещении ведущих непосредственно в зал боковых проходов. Ось, перпендикулярную кибле, пришлось провести через вторые от входа ячейки, предельно приблизив к геометрической поперечной оси молитвенного зала и в то же время акцентировав именно южную, михрабную часть. Прямым аналогом такого смещения проходов является композиция нормативной Улу-джами в Бурсе, и в следовании этому примеру можно видеть внимательное отношение архитекторов начала XVI в. к раннеосманской традиции планировки больших городских мечетей.
Отказ от галерей над боковыми нефами позволил разместить в люнетах подпружных арок два ряда световых проемов – пять прямоугольных со стрельчатыми перемычками и над ними три круглых с большим центральным, подчеркивающих как вертикальные оси боковых сторон подкупольного пространства, так и скругление его арочного завершения. Небольшая ширина боковых нефов, их высота и открытость в подкупольный квадрат позволяют хорошо осветить их как через верхние световые проемы в люнетах подпружных арок и люкарны в центральном куполе и полукуполах, так и через проемы в стенах. Пять рядов проемов обеспечивают равномерное освещение всего интерьера мечети.
В отличие от ровных рядов окон в стене киблы в Баязид-джами в Эдирне высокая михрабная ниша стамбульской мечети окружена пятью проемами одинакового размера, повторяющими очертания арки. Подобное окружение михраба окнами станет обычным приемом в османской барочной архитектуре (яркий пример – Л ал ели-джами, 1760–1783). Обращение стены киблы турецких мечетей к югу обеспечивает преимущественное направление света именно от михраба ко входу, и при таком расположении световых проемов на полу культовых зданий образуется освещенный полукруг, объединяющий молящихся.
Особенностью композиции Баязид-джами по сравнению с другими стамбульскими мечетями являются крылья, проходы в которые открываются из угловых северных ячеек. Эвлия Челеби описал эти крылья как