4 июля 1896 г. Государь император разрешил отпуск из общего вакуфного капитала на ремонт ханской мечети в г. Евпатории 7432 руб. 49 коп., о чем Министр внутренних дел 14 июля того же года уведомил Таврического губернатора. Перед этим Императорская археологическая комиссия в присутствии представителей Императорской Академии художеств, Техническо-строительного комитета МВД и Хозяйственного управления при Святейшем Синоде рассмотрела и утвердила исправленный в соответствии с ее указаниями проект. В принятом постановлении было предложено «оставить основания минаретов наклонными, не выпрямляя их, в случае восстановления последних, и рекомендовать стены мечети выбелить, сохраняя лишь раскраску ниши (кыблы)». Как отмечают почти все дореволюционные путеводители и справочники, реставрацию осуществили в том же 1896 г.
Отпущенных средств, судя по всему, не хватило для реставрации памятника в полном объеме. Так, уже в конце следующего, 1897, года газета «Крымский вестник» писала: «Местное мусульманское духовенство соборной ханской мечети очень озабочено крайне печальным состоянием этой мечети, которая, несмотря на то, что в ней недавно был проведен ремонт, все-таки выглядит такою, как-будто ремонт не окончен и был прекращен на половине. По поводу этого, действительно прискорбного обстоятельства, причтом мечети подана по начальству жалоба. В своей жалобе причт указывает, главным образом, на следующие обстоятельства... С тех пор прошло более года, а между тем ремонт и поныне не окончен.
Все окна мечети в количестве 64 штук остаются без стекол; в большей половине окон нет даже рам; работы сделаны подрядчиком (А.С. Пасхалиди. —
Далее корреспондент газеты делает весьма любопытный комментарий: «Во всем этом деле для меня остается одно очень важное обстоятельство совершенно невыясненным и непонятным, а именно: раз мечеть находится в ведении известных должностных лиц — в данном случае духовенства, — то разве это духовенство по общим русским законоположениям не является ответственным за целость и сохранность вверенного ему имущества, а не подлежит ли оно уголовной ответственности за бездеятельность, которая послужила главною причиною совершенного упадка мечети, за которою числится солидное вакуфное имущество. Еще один вопрос: почему местное население мусульман нашло возможность собрать и пожертвовать крупную сумму на постройку православного храма, а для своей мечети разве оно не может сделать того же?»37
. Трудно со сказанным не согласиться.В 1914 г. небольшой квартал вокруг Джума-Джами был обнесен забором с металлической кованой решеткой, изготовленной по эскизам городского архитектора А.Л. Генриха38
. Тем не менее, в 1914 г. городская газета «Евпаторийские новости» вновь ставила вопрос о необходимости ремонта Ханской мечети39. По всей видимости, какие-то текущие ремонтные работы были проведены накануне посещения Евпатории 16 мая 1916 г. императором Николаем II, его августейшим семейством, сопровождающей свитой и губернатором Н.А. Княжевичем. Во всяком случае, в снятом по данному поводу документальном фильме мечеть выглядит снаружи и внутри вполне пристойно: в противном же случае ее вряд ли показали бы государю.В 1925 г., как сообщает А.И. Полканов, был произведен ремонт Ханской мечети в Евпатории40
. В 1927 г. была опубликована брошюра директора Евпаторийского музея А.Я. Чепуриной «Евпаторийская ханская мечеть Джума-Джами (хан-джами)», в которой содержится самое подробное описание памятника.1 ноября 1931 г. президиум Евпаторийского Совета за подписью председателя Абибулаева и секретаря Галинбека принял постановление следующего содержания: «Поручить Коммунотделу в кратчайший срок составить смету на покрытие крыши Музея, в связи с снятием свинцовой, с привлечением «металлолома» для предоставления цинкового железа и несения совместных расходов». Смысл этого сверхциничного распоряжения заключался в желании содрать с кровли мечети ценный свинец.