Новый, третий этап в изучении Керкинитиды начался в 1980 г. С тех пор и до настоящего времени проводятся систематические и планомерные раскопки памятника. Они ведутся на широких площадях (до 2000 м) и затрагивают разные участки древнего городища. В процессе этих работ были изучены на всю глубину (до 5,5 м) культурные напластования до стерильного в археологическом отношении песка или уровня грунтовых вод, разработана хронология памятника, выделено четыре древнегреческих градостроительных этапа и один скифский ярус, выяснены планировка города и характер жилой застройки на разных хронологических этапах, раскрыты фортификационные сооружения, получен огромный и разнообразный археологический материал. Раскопки затронули и некрополь города. Кроме того, для выяснения геологической ситуации в районе древней Керкинитиды было проведено бурение территории памятника, что позволило восстановить древний ландшафт в момент основания колонии и его изменения вследствие человеческой деятельности.
В настоящее время большая часть раскрытой площади памятника засыпана, застроена капитальными зданиями, здесь разбиты парки и скверы. Музеефицированы только два участка памятника. Первый находится на территории действующего санатория Центрального медицинского управления Министерства обороны Украины: здесь на площади 260 кв. м представлены для обозрения под открытым небом отрезок самой ранней крепостной стены конца первой трети V в. до н. э. и фрагменты жилой застройки V-IV вв. до н. э. Второй участок площадью 100 кв. м расположен на главной пешеходной улице города. Тут, над руинами западной угловой башни Керкинитиды середины IV в. до н. э. и строительными остатками V-IV вв. до н.э., в 2000 г. была сооружена из стекла и металла пирамида, а внутри также развернута археологическая экспозиция. В настоящий момент она является наиболее посещаемым археологическим объектом в Евпатории.
Для объяснения смысла названия города предложено четыре основных версии: по первой, Керкинитида обязана именем Гераклейскому ойкисту Каркину (Л.Д. Дашевская); по второй — обилию водившихся тут вплоть до недавнего времени крабов, то есть «Крабий город» (Ю.Г. Виноградов). Н. Надеждин, используя другое значение этого слова (