Во второй половине II в. до н. э. Херсонес утратил все владения на западном побережье Крыма, включая и расположенные тут малые города Керкинитиду и Калос-Лимен. Как показали раскопки, их население покинуло обжитые места в связи с вполне реальной опасностью прямого захвата укреплений скифами. Вся территория Северо-Западного Крыма была включена в состав Малой Скифии Скилура и полностью заселена скифами, следы постоянного пребывания которых отмечены практически на всех памятниках. Для нас, однако, остается не до конца решенным вопрос о том, когда точно произошла утрата хоры и Керкинитиды. Обычно это событие относят к середине II в. до н. э. (
За все время нахождения Керкинитиды в составе Херсонесского государства (более чем 200 лет), как это ни странно, территория города не расширялась, не производилась капитальная перестройка жилых кварталов, а лишь локальное строительство и текущий ремонт. Вся деятельность сводилась к реконструкции оборонительных сооружений, возведению перегораживающей город — примерно пополам — новой крепостной стены, то есть усилия направлялись на обеспечение безопасности населения и предотвращение захвата Керкинитиды скифами.
Керкинитида оставалась последним оплотом на отдаленной хоре Херсонеса и была оставлена ее обитателями и гарнизоном. Видимо, угроза захвата города стала настолько реальной, что Херсонес полностью эвакуировал население. На руинах греческого города во второй половине II в. до н. э. возникло скифское поселение. Как показали раскопки памятника, оно не было обнесено крепостными стенами, а более ранние греческие фортификационные сооружения были разобраны скифами до основания. Более того, скифская застройка вышла за пределы периметра более ранних оборонительных стен. В самом конце II в. до н. э. Керкинитида, как, впрочем, и остальные поселения Северо-Западного Крыма, была освобождена от варваров понтийским экспедиционным корпусом под предводительством Диофанта, полководца известного царя Митридата VI Евпатора. Видимо, слухи о приближении понтийских войск заставили скифов срочно покинуть заселенные ими места. Воины Диофанта занимали уже опустевшие поселения бывшей херсонесской хоры. Диофантовы войны в последнее время относят к 113—111 гг. до н. э.
По всей видимости, небольшие Понтийские или херсонесские гарнизоны были оставлены в наиболее важных пунктах западного побережья Крыма, в том числе и в Керкинитиде, хотя их остатков пока не обнаружено. Несмотря на полное поражение скифов и их союзников, Херсонес не воспользовался плодами этой победы: подорванная длительными войнами экономика не позволила ему вновь восстановить свою аграрную округу, хотя бы в минимальных размерах. Практически ни на одном памятнике Северо-Западного Крыма нет следов возобновления херсонесской деятельности. Эти памятники так и остались в руинах.
Дальнейшая судьба Керкинитиды нам практически не известна. Каких-либо строительных остатков и четко выраженных культурных отложений I в. до н. э. — первых веков нашей эры на территории древнего городища пока не выявлено. Однако отдельные керамические находки, относящиеся к указанному времени, встречаются на памятнике, но особенно обильно они представлены — в качестве керамического боя — на дне современной Евпаторийской бухты. Последнее упоминание Керкинитиды в письменных источниках относится к 134 г. В «Перипле» Арриана приведено расстояние в шестьсот стадиев от Херсонеса до Керкинитиды и от последней до Прекрасной Гавани — в семьсот [Arr. 30]. По всей видимости, это свидетельство указывает на продолжающееся использование при плавании вдоль побережья керкинитидской бухты, расположенной посреди западного побережья полуострова. Нельзя исключить и возможность существования какого-то поселения не городского типа над остатками древнегреческого города, которое нам еще предстоит открыть.