Поселок первых колонистов располагался в южной части памятника и занимал площадь едва ли более 0,8—1 га. Первопоселенцы, их дети и внуки на протяжении 60—70-ти лет ютились в заглубленных на 0,7—1,0 м в песчаный береговой вал прямоугольных полуземлянках, площадью 9—12 кв. м каждая. Их стены были сложены из сырцовых кирпичей поверх каменного бутового цоколя. Пока открыты лишь остатки периферийных построек первоначальной апойкии, ядро которой, вероятно, находилось в юго-западной части памятника. Причем полуземлянки располагались не хаотично по отношению друг к другу, а с выдержанной ориентацией стен, что может свидетельствовать о какой-то регламентации жилой застройки внутри поселения.
Качественный скачок в развитии Керкинитиды произошел в конце первой трети V в. до н. э. (около 470 г. до н. э.), когда территория мыса площадью около 3,2—3,3 га была обнесена мощными оборонительными стенами, а все внутрикрепостное пространство разделено на приблизительно одинаковые участки, застроенные жилыми домами. Этот совпал с выпуском в обращение новой оригинальной монеты-рыбки. Именно с этого периода можно говорить о Керкинитиде как о полностью сложившемся в архитектурно-градостроительном отношении городе. Следовательно, процесс окончательного формирования полиса завершился, эллинская община доказала свою жизнеспособность.
После этого Керкинитида пережила еще две капитальные реконструкции: на рубеже V—IV вв. до н. э. и в третьей четверти IV в. до н. э., что приводило не только к полной перестройке оборонительных сооружений и жилых кварталов, но и увеличивало территорию города сначала до 4,3 га, а затем — до 5,3 га. На протяжении последующих двух столетий, до самого захвата города скифами, площадь городища не изменялась. В 60-е гг. III в. до н. э. жилая застройка была сокращена за счет сноса и нивелировки жилых домов в центральной части города, перегороженной, в связи с возросшей опасностью, новой крепостной стеной. Керкинитида, таким образом, была поделена на приблизительно две одинаковых части — 2,3 и 3 га каждая.
Город имел выдержанную планировочную сеть, ориентированную приблизительно под углом 40 градусов на северо-юг. Причем планировочная структура жилых районов — направления улиц и очертания городских кварталов — сохранилась при всех последующих перестройках. Керкинитида была разделена поперечными улицами на кварталы примерно одинаковой величины, расположенными в два ряда. В таком случае под защитой крепостных стен во второй половине IV в. до н. э. могло находиться 17—18 кварталов площадью около 2 тыс. кв. м и несколько треугольных участков. В каждом из них, судя по имеющимся у нас данным, могло разместиться 16—17 домов различных очертаний. Жилища внутри последних располагались преимущественно в три ряда, что предопределило необходимость устройства внутренних тупиковых переулков, соединяющихся с основными городскими улицами. По нашим расчетам, внутри крепостных стен в начале V в. до н. э. могло располагаться около 170 домов, на рубеже V—IV вв. — 220—230, а в третьей четверти — 270—290. Соответственно население составляло (при численности одной семьи 7—8 человек) 1200—1400,1600—1800 и 2000—2200 человек
Основой жилой застройки Керкинитиды на протяжении V—II вв. до н. э. были весьма скромные и небольшие по своим размерам безордерные дома с тремя-четырьмя комнатами. Они типичной схемы, площадью 85—115 кв. м. Отмечен также жилой комплекс (№ 13), по своим размерам (около 200 кв. м) почти в два раза превышающий обычные дома. В настоящее время полностью реконструируется планировка 14 из 26 выявленных домов. Конфигурация жилых комплексов в основном прямоугольная; отмечены также дома с ломаными очертаниями, но не по всему периметру, а только с одной стороны, что, как правило, связано с необходимостью размещения тут переулков.