Сейчас территория древнего городища представляет собой прямоугольное всхолмление, размерами 400×135 м, вытянутое с юго-востока на северо-запад. Культурные отложения памятника залегают над береговым песчаным валом, на снивелированной поверхности которого начинали свою строительную деятельность колонисты. Отложения имеют мощность до 5 м, не считая современного баластного слоя. Их нижний горизонт сейчас подтоплен грунтовыми водами — в результате трансгрессии Черного моря от 0,30 и до 1,7—1,8 м.
В поперечном вертикальном сечении культурные отложения напоминают трапецию с приблизительно одинаковыми сторонами. Такой силуэт античных напластований объясняется прежде всего тем, что они накапливались внутри периметра крепостных стен, в дальнейшем почти полностью разобранных. Поскольку, как выяснилось в процессе раскопок, Керкинитида являлась сырцово-каменным городом (основным строительным материалом служил сырцовый кирпич), культурные отложения памятника представляют собой мощные развалы сырцовых кладок, разделенные глинобитными полами, утоптанными золистыми поверхностями, каменными и галечными вымостками и строительным отесом. Причем подобные напластования накапливались не перманентно, а в результате периодического и сознательного разрушения обветшалых стен и нивелирования их продуктов. Разравнивание сырцовых развалов каждый раз приводило к значительному повышению дневной поверхности квартала — на 0,6—0,8 м. Эти завалы преимущественно желтого цвета, реже светло-серого оттенка. Их цвет меняется в зависимости от времени года и влажности атмосферы.
Снивелированные до единого уровня сырцовые развалы, как правило, достигали поверхности каменных цоколей, которые повсеместно и неоднократно использовались в качестве фундаментов для последующих каменных оснований новых сырцовых построек, поскольку планировка строительных комплексов существенно не менялась. Но и тогда, когда кладки старых цоколей не просматривались над развалами сырца, строители безошибочно возводили над ними новые стены. Во время раскопок обнаружено несколько ярусов каменных кладок, перекрывающих друг друга и полностью сохранивших свою ориентацию.
Во всей толще древних напластований вычленяются два основных культурно-исторических яруса — древнегреческий и скифский, связанных с полной сменой не только населения, но и его материальной и духовной культуры. Они не равнозначны ни по мощности отложений, ни по времени своего накопления. В древнеэллинских отложениях выделяется четыре градостроительных этапа, естественно, не считая локальных перестроек, касающихся отдельных домов или смежных жилых комплексов. Первый горизонт относится ко второй половине VI в. до н. э. — около 470 г. до н. э.; второй — ко времени около 470 — около 400 гг. до н. э.; третий — около 400 — около 325 гг. до н. э.; четвертый горизонт — около 325 г. до н. э. — третья четверть II в. до н. э. Варвары захватили Керкинитиду в период скифо-херсонесских войн и вынуждены были оставить ее результате наступления понтийских войск во главе с полководцем Митридата VI Евпатора — Диофанта — в 113/112 гг. до н. э., когда город был возвращен Херсонесу, но, увы, больше никогда не возрождался. Саму бухту использовали на протяжении всего античного периода, о чем свидетельствуют многочисленные фрагменты керамического боя, постоянно извлекаемого со дна современного Евпаторийского порта. Редкие находки первых веков нашей эры происходят с самого городища, где до сих пор не удалось зафиксировать непотревоженный культурный слой римского времени. Вероятно, на территории Керкинитиды располагалось небольшое поселение (якорная стоянка?), столь незначительное, что пока не удается обнаружить его реальные остатки.