Началось следствие‚ и начальник киевской сыскной полиции сразу же отверг ритуальный характер этого убийства. Подозрение пало на Веру Чеберяк: в ее квартире был воровской притон‚ а сын Женя дружил с Андреем Ющинским. Женю начали допрашивать‚ и прокурор Чаплинский доложил министру юстиции‚ что Чеберяк «неустанно следила за сыном… видимо, опасаясь‚ что он может проболтаться». Она запугивала Женю, не давала ему говорить. Следователь И. Красовский: «Когда она заметила‚ что Женя очень оживленно начал разговаривать с надзирателем… сделала ему угрожающий жест рукой и показала на язык. Женя сейчас же замолк…» Надзиратель Кириченко: «Когда я спросил Женю‚ кто убил Ющинского‚ я заметил‚ что у него получилась судорога на лице. Я… увидел‚ что за стеной стояла Чеберяк и рукой и всем телом делала угрожающие жесты…»
В июне 1911 года Вера Чеберяк была арестована‚ в ордере на арест значилось: «за участие в убийстве Ющинского». В тюрьме она призналась наконец‚ что видела Андрея Ющинского в день убийства; призналась также‚ что он оставил у них в доме пальто‚ которое она затем сожгла‚ – и в полиции были теперь убеждены‚ что убийство произошло в ее квартире. Следователь Красовский: «Путем розысков я пришел к убеждению‚ что убийство было совершено воровской организацией во главе с Верой Чеберяк». Следователь по особо важным делам Фененко: «Для меня было ясно‚ что убийство Ющинского‚ скорее всего‚ было совершено в квартире Чеберяк». Прокурор Брандорф: «Я твердо рассчитывал‚ что если она просидит несколько дней‚ то удастся раскрыть всё дело»‚ – но неожиданно прокурор Чаплинский распорядился выпустить ее на свободу.
Пока Чеберяк сидела в тюрьме‚ Женя заболел‚ и после освобождения она сразу же забрала сына домой. Врач предупреждал: его нельзя беспокоить‚ но мать пожелала‚ чтобы Женя умирал дома. Агенты полиции явились к ней и оставались там неотлучно до смерти мальчика. Они показали‚ что Чеберяк совершенно не интересовалась здоровьем сына‚ лишь следила за тем‚ чтобы он не проболтался‚ закрывала ему рот поцелуями. «Женя был в очень тяжелом состоянии и постоянно бредил‚ – докладывали агенты. – Когда Женя приходил в себя‚ его мать‚ обращаясь к нему‚ говорила: «Скажи им‚ что я по этому делу ничего не знаю». На это Женя отвечал: «Мама‚ не говори мне про это‚ мне очень больно». Находясь большей частью в бессознательном состоянии‚ Женя вскрикивал: «Андрюша‚ Андрюша‚ не кричи‚ Андрюша‚ Андрюша‚ стреляй»…»
К умирающему ребенку привели священника‚ в последние минуты жизни сына Чеберяк очень старалась‚ чтобы он произнес хотя бы несколько слов о ее непричастности к убийству. Но Женя ничего не сказал‚ а через несколько дней после его смерти умерла его сестра Валентина. Экспертиза установила‚ что брат и сестра скончались от дизентерии‚ но в правых газетах опубликовали такое сообщение: «В Киеве отравлен сверстник и товарищ Андрея Ющинского Женя Чеберяк. Сообщая это‚ жиды называют отравление загадочным. Но что же тут загадочного? Устранение важного свидетеля составляет обычное средство кровожадного племени».
После вскрытий тела Ющинского киевский митрополит сообщил в Святейший Синод: «И первым и вторым вскрытием отвергнуто предположение о сексуальном и ритуальном характере убийства». О том же докладывал прокурор Чаплинский: эксперты отвергают ритуальный характер убийства и предполагают‚ что оно совершено из мести.
Однако некие влиятельные лица‚ по-видимому‚ желали придать убийству ритуальный характер; Чаплинский поддержал эту версию и рекомендовал то же самое другому прокурору‚ чтобы «не испортить себе карьеры». Чиновник департамента полиции свидетельствовал: Чаплинский «в своих беседах поражал крайним юдофобством и той ненавистью‚ с какой он говорил о евреях»‚ – но вряд ли бы он действовал так безнаказанно‚ не ощущая поддержки министра юстиции и других высокопоставленных лиц.
Некий студент В. Голубев – черносотенец‚ один из руководителей киевского общества «Двуглавый орел» – проводил собственное следствие‚ и прокурор Брандорф докладывал начальству‚ что Голубев сознательно мешает полиции, пускает в ход «самые неблаговидные приемы»: запугивает‚ обещает всяческие выгоды за нужное ему показание‚ угощает детей сладостями‚ а взрослых пивом и водкой. На допросах Голубев показал: неподалеку от пещеры‚ в которой обнаружили труп Ющинского‚ «расположена огромная усадьба жида Зайцева. Управляющим усадьбой и кирпичным заводом состоит некий жид Мендель… Судя по всем признакам‚ я признаю и уверен‚ что убийство – ритуальное‚ совершено по ритуалу секты хасидов… Доказательств‚ конечно‚ этому я представить не могу». Прокурор Чаплинский немедленно сообщил министру юстиции об «усадьбе Зайцева‚ где проживает еврей Мендель»‚ а вскоре на его докладе появилась резолюция министра: «Доложено Его Императорскому Величеству в Царском Селе». Так в этом деле впервые появилось имя – Мендель‚ а вскоре на весь мир стала известна и его фамилия – Бейлис.